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- 来自专栏2022【生信零基础入门】
R 语言 安装DESeq2，dplyr 包遇到报错的彻底解决方案
1L], c(lib.loc, .libPaths()), versionCheck = vI[j]): 不存在叫‘RCurl’这个名字的程辑包* library(DESeq2) 载入需要的程辑包：GenomicRanges Error: 无法载入程辑包‘GenomeInfoDb’ In addition: Warning messages: 1: 程辑包‘DESeq2’是用R版本4.1.1 来建造的 2: 程辑包‘GenomicRanges 于是我就按照提示安装**RCulr**, 并且也尝试了安装**GenomeInfoDb**，**GenomicRanges**，但是又遇到新的报错如下: *installation of package
2.9K00编辑于 2022-10-04 - 来自专栏数据科学（冷冻工厂）
HiCBricks|Hi-C 数据可视化与注释
Brick_get_bintable 函数会生成一个 GRanges 类的对象，这个对象可以通过 GenomicRanges 包中的方法进行操作。 而 start 和 end 是 GenomicRanges 包中的两个方法，它们可以提供指定基因组区间的起始和结束坐标。 bintable_ranges <- Brick_get_bintable(Brick = My_Brick_object, chr = "chr3", resolution = 100000) require(GenomicRanges
29200编辑于 2025-06-07 - 来自专栏数据科学（冷冻工厂）
CUT&Tag 数据处理和分析教程（1）
数据处理和分析概述 依赖 Linux system R (versions >= 3.6) dplyr stringr ggplot2 viridis GenomicRanges chromVAR DESeq2 ChIPseqSpikeInFree [Optional] library(dplyr) library(stringr) library(ggplot2) library(viridis) library(GenomicRanges
95810编辑于 2025-02-27 - 来自专栏生信技能树
芯片探针到基因组区段坐标的映射
17 两个坐标在R里面使用grange进行overlap 初学者需要自己去读文档，了解 https://bioconductor.org/packages/release/bioc/html/GenomicRanges.html 需要首先把它们两个坐标转为 GRanges 对象，然后 findOverlaps 函数即可 library(GenomicRanges) gr_probes= GRanges( seqnames =
91430发布于 2020-08-07 - 来自专栏生信技能树
在R里面对坐标进行基因组区域注释
pos_anno=as.data.frame(peakAnno) require(ChIPseeker) library(org.Hs.eg.db) library(org.Mm.eg.db) library(GenomicRanges
3K41发布于 2018-09-21 - 来自专栏生信技能树
根据坐标在基因组上面拿到碱基序列来设计引物
paste0('chr',1:22),start=sample(1:10000000,22)) pos library("BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg38") library("GenomicRanges workflows/vignettes/sequencing/inst/doc/sequencing.html http://bioconductor.org/packages/3.3/bioc/vignettes/GenomicRanges
1.8K51发布于 2020-10-26 - 来自专栏数据科学（冷冻工厂）
ChIP-seq 分析：数据与Peak 基因注释（10）
library(GenomicRanges) macsPeaks <- "data/peaks/Mel_1_peaks.xls" macsPeaks_DF <- read.delim(macsPeaks
65150编辑于 2023-03-21 - 来自专栏数据科学（冷冻工厂）
ATAC-seq分析：教程简介（1）
install('rGREAT')BiocManager::install('MotifDb')BiocManager::install('Biostrings')BiocManager::install('GenomicRanges
97310编辑于 2023-01-27 - 来自专栏小明的数据分析笔记本
跟着Nature Genetics学画图：R语言ggbio包画基因结构图
image.png 加载作图需要用到的包 library(ggh4x) library(ggplot2) library(ggbio) library(GenomicRanges) 构造画图用到的数据集
4.1K31发布于 2021-07-12 - 来自专栏生信技能树
在R里面对坐标进行映射
比如把自己制作好的bam文件的坐标，跟提取自gtf文件的坐标信息对应起来，使用GenomicRanges包自带的函数即可。
1.1K20发布于 2018-12-25 - 来自专栏数据科学（冷冻工厂）
ChIP-seq 分析：教程简介（1）
'R.utils')BiocManager::install('Rsamtools')BiocManager::install('rtracklayer')BiocManager::install('GenomicRanges
1.1K00编辑于 2023-02-05 - 来自专栏生物信息学
ChIPseeker对ChIP-seq数据进行注释与可视化
同时可视化多个BED格式文件： require(GenomicFeatures) peak=GenomicRanges::GRangesList(CBX6=readPeakFile(files[[4]] peakAnno = annotatePeak(f, tssRegion=c(-1000, 1000), TxDb=txdb, annoDb = 'org.Hs.eg.db') library(GenomicRanges
10.6K31发布于 2020-04-14 - 来自专栏生信技能树
把bam文件读入R，并且转为grange对象
=4,] # 60885 probes # intersect() on two GRanges objects. library(GenomicRanges) my_seq <- with(tmp,
2.9K20发布于 2018-12-24 - 来自专栏数据科学（冷冻工厂）
ATAC-seq分析：教程简介（1）
('rGREAT') BiocManager::install('MotifDb') BiocManager::install('Biostrings') BiocManager::install('GenomicRanges
77320编辑于 2023-02-27 - 来自专栏数据科学（冷冻工厂）
ChIP-seq 分析：教程简介（1）
R.utils') BiocManager::install('Rsamtools') BiocManager::install('rtracklayer') BiocManager::install('GenomicRanges
1K40编辑于 2023-02-27 - 来自专栏R语言交流中心
R语言中的并行BioParallel
Rsamtools) require(RNAseqData.HNRNPC.bam.chr14) require(GenomicAlignments) require(ShortRead) library(GenomicRanges
2.8K20编辑于 2022-06-07 - 来自专栏北野茶缸子的专栏
12. R studio/R 工具指南（十一：R 的更新与R 包的迁移）
fgsea', 'geneplotter', 'GenomeInfoDb', 'GenomeInfoDbData', 'GenomicAlignments', 'GenomicFeatures', 'GenomicRanges
3.7K30编辑于 2021-12-17 - 来自专栏正则
RNAseq 1.1
Bioconductor #source("http://bioconductor.org/biocLite.R") #biocLite(c("genefilter","ballgown","edgeR","GenomicRanges
63820发布于 2021-09-07 - 来自专栏生信技能树
R语言公益课程之bioconductor
- lm(y ~ x) # 线性回归方程 fit #S3对象 anova(fit) sqrt(var(resid(fit))) class(fit) 序列数据呈现的R包 1）安装R包 2）使用实例 GenomicRanges
1.1K31发布于 2020-05-25 - 来自专栏生信技能树
R包安装大全-番外篇一
GRangesList" is not valid for slot 'rowRanges' in an object of class "SingleCellExperiment"; is(value, "GenomicRanges_OR_GRangesList
2K80发布于 2018-03-09
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