R，GenomicRanges:找到重叠基因组范围的宽度

Question

给定两个类似于GenomicRanges的GenomicRanges：

library(GenomicRanges)

gr1 <- 
  makeGRangesFromDataFrame(
    data.frame(
      chr = c("1","1","2","2"),
      start = c(10,50,10,50),
      end = c(20,60,20,60)
    )
  )

gr2 <- 
  makeGRangesFromDataFrame(
    data.frame(
      chr = c("2","2","3","3"),
      start = c(15,40,10,50),
      end = c(25,55,20,60)
    )
  )

我需要找到重叠段的重叠大小(宽度)。在我的例子中，这将是5(对于gr13和gr21)和5(对于gr4和gr22)。给定的在命中类上使用here的ranges()解决方案不适合GenomicRanges类(似乎)：

mm <- findOverlaps(gr1,gr2)
ranges(mm,gr1,gr2)

.local(x，.)中的错误：“查询”必须是长度等于查询次数的范围

一个人会希望GenomicRanges::subsetByOverlaps()有一个参数，它可以从字面上分割并返回重叠。

更新(参见下面)：解决方案在包本身，GenomicRanges::intersect()中，因此：

width(intersect(gr1, gr2))

Answer 1

GenomicRanges包似乎有一个特定的功能，intersect()。因此，解决方案相当简单：

width(intersect(gr1, gr2))

1 6 6

(这是正确的)