在shell脚本中加载R库

Question

我想进入R并在shell脚本中加载一个库来做一些分析，但是我遇到了这样的错误

syntax error near unexpected token `GenomicRanges'

这是我的shell脚本(我已经在bash_profile中加载了R模块)

#$ -S /bin/bash

for sample in *.txt; do
       R # Enter R
       library(GenomicRanges) # Load library
       ## 
       do some analysis later
       ##
done

有什么方法可以在shell脚本中加载R库并运行一些分析吗？

Answer 1

使用本文档符号(<<)：

for sample in *.txt; do

R --no-save<<EOF
library(GenomicRanges)
read.table(file = "$sample", ...)
# some R code ...
....
EOF

done

注意，在脚本中，您可以引用其他shell变量，例如$sample。小心避免使用反斜杠：$在R代码中出现的所有$。