在两个以上的数据集中查找重叠的基因组坐标

Question

我想要比较并获得三个不同数据集中的重叠区域。比较也应该以中央通讯社为基础。

 data1
      chr start         end       CNA
        1   170900001   171500001   loss
        1   11840001    19420001    loss
        1   60300001    62700001    gain
        1   25520001    25820001    gain

data2
    chr  start       end        CNA
    1   170940001   171500001   gain
    1   60300001    62700001    gain
    1   25520001    25840001    gain
    1   119860001   123040001   loss
    1   171500001   171580001   gain
    1   79240001    84420001    gain


data 3
chr  start       end        CNA
1   170950001   171500001   gain
1   60300001    62700001    loss
1   25530001    25840001    gain

预期输出

   chr  start       end        CNA
    1   170950001   171500001   gain
    1   25530001    25840001    gain

我使用GenomicRanges进行比较。首先，我尝试根据“得”和“失”对基因组区域进行排序。然后，我在每组之间分别使用findOverlaps进行例如。df1 <- findOverlaps(data1，data2)，然后是findOverlaps(df1，data3)。我知道bed工具是有选择的，但我很想知道是否有任何替代方法可以使用GenomicRanges获得所需的输出？

Answer 1

我做了ask a similar question several days ago。你没有提到GenomicRanges是否为你工作。我发现库IRange对我来说确实工作得更好。也许我的方法对你有用