自动安装Bioconductor软件包

Question

我正在尝试从R脚本在我的Ubuntu 16.04上自动安装Bioconductor及其不同的软件包。但是，每次安装都需要交互才能说-y，是的，我想安装它，然后用-a更新所有。有没有自动安装的方法？类似于shell的-y或yes | yes。

#!/usr/bin/Rscript

source("http://bioconductor.org/biocLite.R")    
biocLite()
biocLite("GenomicRanges")
biocLite("BiocGenerics")
biocLite("rtracklayer")

Answer 1

用户可以通过以下命令获得有关biocLite函数的帮助：

?biocLite

它将显示ask参数以跳过所有问题。

biocLite(ask = FALSE)