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mm_Unknown_Unknown Mus_musculus None No EP1-BCL6-Fast-C57-Rep1-ChIP-seq NA NA NA ftp://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.govmm_embryonicstemcell_embryonicstemcell Mus_musculus None No ELL1 NA NA NA ftp://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.govmm_embryonicstemce
浏览 0修改于2019-12-26得票数 3
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我想从这个网站下载选定的文件：$wget -r ftp://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sr
浏览 33修改于2017-10-07得票数 1
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问题：SRA1202321.sraSRA1209312.sraSRA1202321.sraSRA1209312.srarandom.sra
我希望将所有文件从.txt移到一个不同的目录，并留下我不想要的文
浏览 1修改于2022-05-18得票数 2
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我最近下载了一堆sra文件。我喜欢将它们转换为fastq成对读取。它的工作原理如下：但我需要一种方法将它们全部转换在一起。我在试这个
for i in `ls /Users/medsmit/ncbi/public/sra&
浏览 3修改于2018-05-24得票数 0
例如,
ftp://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sra-instant/reads/ByRun/sra/SRR/SRR824/SRR824576/SRR824576.sra
浏览 1修改于2016-08-17得票数 0
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我从NCBI下载了一系列属于一个样本的.sra。我尝试将一个sra更改为fastq，但这是错误的。我使用$fastq-dump SRR5XXXXX.sra更改了另一个进程，它工作得很好。
因此，我想知道如何将多个.sra制作成一个.fastq文档？谢谢你的好意。
浏览 1提问于2017-10-26得票数 0
我使用以下命令安装了SRA工具包：wget http://old-releases.ubuntu.com/ubuntu/pool/universe/n/
浏览 0提问于2021-10-07得票数 1
我是一个R新手，但是我能从R中的命令行控制NCBI BLAST中的SRA函数吗？NCBI的网站是众所周知的不可靠，我希望能够管理批文件。
浏览 5提问于2014-03-21得票数 0
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main_url <- "http://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sra-instant/reads/ByStudy/sra/SRP/SRP038/SRP038101/"
urls <- paste(main_url,c("SRR1171523/SRR1171523.sra","SRR117
浏览 2修改于2015-03-13得票数 0
国家生物技术信息中心( NCBI )慷慨地向第三方提供数据供其消费。数据位于云桶(如gs://sra-pub-run-1/ )中。不幸的是，我不知道存储桶在哪个区域(NCBI在他们的文档中提到了在美国，但在美国没有提到)。所以我的问题是：
有什么方法可以找出我不拥有的桶在哪个区域，就像托管gs://sra-pub-run-1/一样？是正确的，从同一区域的实例中读取数据是免费的吗？如果GCS桶是多区域的呢？执行一个简单的gsutil ls -b -L要么不提供任何信
浏览 1修改于2020-01-19得票数 1
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以下是其中一个链接的示例：https://sra-download.ncbi.nlm.nih.gov/traces/sra46/SRR/005150/SRR5273887 谢谢
浏览 14提问于2019-03-19得票数 5
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我正在尝试访问NCBI SRA数据库，查询ID列表并将输出保存到矩阵中。bioconductor.org/biocLite.R")library(SRAdb)
sqlfile <- getSRAdbFile()
sra</em
浏览 1修改于2016-11-10得票数 1
/bin/sh module load sra-toolkit/2.10.7-centos_linux64 WORKSPACE=/vto SPECIES=${WORKSPACE}/species_names.txti in $SPECIES
for j in $AC
浏览 3提问于2021-01-28得票数 1
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SRA文件来自NCBI数据库，例如用于"“。当我使用预取命令(例如预取SRR2172947)时，始终会出现”在虚拟文件系统模块中解析树时找不到路径“的错误--”SRR2172948“无法找到。我可以下载其他SRA文件，比如SRR12626663，但上面提到的链接有一些问题。
能否请你指导我如何解决这个问题？
浏览 6提问于2022-06-07得票数 0
我有几个SRA文件，我从NCBI网站下载。现在，我想将它们添加到我的snakemake工作流中。但是，如果没有可用的prefetch，我希望保留下载它们的能力。", f"{BASE}/fastq/SRR000001.sra_2.fastq"] "echo Finished"
input: ancient("config/config.yaml")
浏览 1修改于2020-09-04得票数 1
我正在尝试从GEO/SRA下载一个BAM格式的数据集，我可以用它在RStudio中进行分析。sam-dump C:\Users\Desktop\sratoolkit.2.10.8-win64\bin\ncbi\SRA\sra\GSM2692389.sracond) :
failed to open BamFile: SAM/BAM header missing or e
浏览 33修改于2020-09-17得票数 0
/Users/Main/config.file
esearch -db nucleotide-query $ref | efetch -format fasta > $path_ref$ref.fasta
cd $path_SRA</
浏览 0修改于2018-06-26得票数 3
这是我需要发送to> file>访问列表并单击create http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sra?term=SRP000714的url文件。
浏览 2提问于2014-09-11得票数 2
.$ relation : chr [1:2] "SRA: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sra?term=SRX249507" "BioSample: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/biosample/SAMN01978505"
.. ..$ series_id.. ..$ submission_date : chr
浏览 2修改于2017-05-22得票数 0
以下代码未按预期工作：from bs4 import BeautifulSoup<menu>SRA</menu><dbto>sra</dbto&g
浏览 9修改于2020-02-08得票数 1
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