使用fastq-dump转换成簇或SRA文件

Question

我最近下载了一堆sra文件。我喜欢将它们转换为fastq成对读取。它的工作原理如下：

./fastq-dump --split-files /Users/medsmit/ncbi/public/sra/SRR3501908.sra

但我需要一种方法将它们全部转换在一起。

我在试这个

for i in  `ls /Users/medsmit/ncbi/public/sra/*.sra' ; do ./fastq-dump -- split-files $f; done

但肯定是犯了一些愚蠢的错误，因为它不起作用。有谁能帮帮我吗？谢谢你，Suparna

Answer 1

也许，只是通过$i更改$f ...打字错误：

for i in /Users/medsmit/ncbi/public/sra/*.sra
do
    ./fastq-dump -- split-files $i
done