使用两个输入文件作为列表的Bash循环

Question

我正在尝试优化一个for循环，以便从一个基于物种名称和相应加入数的文件中下载文件。我希望循环首先与第一个物种和每个文件的第一个登录号一起工作，等等。我试过这个基本规则，但它不起作用。

        #!/bin/sh
        #Load modules
        module load sra-toolkit/2.10.7-centos_linux64

翻译程序的自动下载和组装。SRA加入和作为脚本参数所需的物种代码

        WORKSPACE=/vto
        WORKSPACEFINAL=/vto
        SPECIES=${WORKSPACE}/species_names.txt
        ACCESSION=$accession_numers.txt

        for i in $SPECIES
            for j in $ACCESION
        do
        mkdir $SPECIES
        cd $SPECIES

#SRA下载和处理。

        prefetch $ACCESSION

        fastq-dump --defline-seq '@$sn[_$rn]/$ri' --split-files       ${WORKSPACEFINAL}/ncbi/public/sra/${ACCESSION}.sra -O  ${ACCESSION} 
 

        done

Answer 1

你有二循环，只有一完成，你有这个工作吗？

正如@Mheni说的，似乎您没有使用循环的变量

这里是一个简单脚本的例子，它有两个循环，一个在另一个循环中。

file_a=$(cat file_a.txt)
file_b=$(cat file_b.txt)

for i in $file_a
do

        for j in $file_b
        do
                printf "$i\n"
                printf "$j\n"
        done
#// if you add code here is outside j loop

done