如何将多个.sra文档转换为一个fastq文档？

Question

我从NCBI下载了一系列属于一个样本的.sra。我尝试将一个sra更改为fastq，但这是错误的。

我的代码：$fastq-dump I --split-files ERRXXXXX.sra.

并且我的.sra文档是成对的。

我使用$fastq-dump SRR5XXXXX.sra更改了另一个进程，它工作得很好。

因此，我想知道如何将多个.sra制作成一个.fastq文档？谢谢你的好意。

Answer 1

我并不真正理解整个消息，但是对于您的具体问题“如何将多个.sra放入一个.fastq文档”，答案非常简单：

在通常的way.

• Concatenate中，从你感兴趣的所有sra文件生成多个文件：
• 1.fq fastq2.fq ...fastqN.fq >如果不再需要

，则使用new_fastq.fq

• Remove中间文件

new_fastq.fq文件包含原始sra文件中的所有信息。

要小心，不要在同一个fastq中混用第一和第二端(当然，除非你知道自己在做什么)。