Snakemake古代标签与通配符

Question

我有几个SRA文件，我从NCBI网站下载。现在，我想将它们添加到我的snakemake工作流中。但是，如果没有可用的prefetch，我希望保留下载它们的能力。我有个简单的规则，

BASE = "/path/to/working/folder"

rule all:
    input: [f"{BASE}/fastq/SRR000001.sra_1.fastq", f"{BASE}/fastq/SRR000001.sra_2.fastq"]
    shell:
        "echo Finished"

rule get_sra:
    input: ancient("config/config.yaml")
    output:"{BASE_FOLDER}/sra/{SSR_ID}.sra"
    shell:
         "prefetch -p {wildcards.SSR_ID} --output-file {output} "

rule get_fastq:
    input: expand("{folder}/sra/{srr}.sra", folder=BASE, srr="{SRR_ID}")
    output:
          expand("{folder}/fastq/{srr}.sra_{i}.fastq", folder=BASE,
                 srr="{SRR_ID}", i=[1, 2])
    shell:
         "fasterq-dump {input} --outdir {BASE}/fastq"

如果我使用上述规则，我的工作流程将重新创建我的SRA文件，因为他们的时间戳将是旧的。但是，我不想再次从服务器下载完整的SRA文件，并使用已经下载的文件。

为此，我尝试使用古老的标记。但是我不能在任何通配符中使用这个标签。

input: ancient("{BASE_FOLDER}/sra/{SSR_ID}.sra")

上述规则给出的错误为

无法从输出文件中确定输入文件中的通配符：

这个问题有什么解决办法吗？当我使用expand时，这也不起作用。

Answer 1

问题是，在大括号中指定的所有内容实际上都是通配符。您可能有三个不同的用例，您可以使用花括号：

• expand函子
• F-弦
• 通配符

在前两种情况下(展开和f-字符串)，结果是一个完全指定的字符串，根本没有通配符。如果你有这样的东西：

rule dummy:
    input: "{wildcard}.input"
    output: expand("{wildcard}.output", wildcard=["1", "2"])

其结果很简单：

rule dummy:
    input: "{wildcard}.input"
    output: ["1.output", "2.output"]

如您所见，输出部分中根本没有通配符，因此输入无法确定其通配符的值。

典型的解决方案是将此规则分为两条规则：

rule all:
    input: expand("{wildcard}.output", wildcard=["1", "2"])

rule do_some_work:
    input: "{wildcard}.input"
    output: "{wildcard}.output"

但是，请注意，我在{wildcard}中称为rule all:的东西本身并不是通配符，而只是expand函数的本地上下文中任意选择的名称。