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我想提取CNN激活从第一个完全连接层使用角。Caffe中有这样一个函数，但我不能使用该框架，因为我面临安装问题。我正在读一篇的研究论文“”，它使用的是CNN的激活，但作者使用的是Caffe。是否有一种方法可以提取这些CNN激活，以便我可以使用数据挖掘关联规则，apriori算法在中的项目。
当然，首先，我必须提取CNN激活的k最大震级。因此，每个映像都是一个事务，每个激活都是一个项。
浏览 2修改于2020-04-08得票数 1
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UUID('d9a0977c-5bc0-4667-af24-5e95b83761d4'), UUID('b2d0f086-0a55-44cc-b1ba-3ebf598d24ae')]>
但我想要做的是提取列表中
浏览 0提问于2021-07-05得票数 1
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我想通过Python从兼职蛋白质数据库( www.moonlightingproteins.org/results.php?search_text= )中提取含有氨基酸序列的FASTA文件，因为这是一个迭代过程，我宁愿学习如何编程而不是手动操作，b/c来吧，我们在2016年了。
浏览 4提问于2016-09-21得票数 0
如果在txt文件( .fasta文件，Interested proteins.txt)中列出了蛋白质in，我想从新文件(selected_proteins.fasta)中的一个蛋白质文件(swissprot_canonical-isoforms.fasta)中提取蛋白质序列的子集。下面显示了swissprot_canonical-isoforms.fasta中的部分蛋白质序列。蛋白质ID显示在以">“开头的行中的两个”AC.26“之间。例如，"P04637“是一
浏览 3提问于2020-06-19得票数 0
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假设我有一个蛋白质序列列表：WKLYSKVKPLLNVARGVDFYSTITRARFEE
我只想从序列中提取最后4个残基(最后4个字符
浏览 8修改于2022-05-09得票数 -5
我想从任何蛋白质数据库中提取蛋白质序列和它们相应的二级结构，RCSB说。我只需要短序列和它们的二级结构。
浏览 3提问于2017-04-03得票数 0
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我有几个fasta蛋白比对(~5000)，我想要识别多态位置和氨基酸残基之间的变化。我尝试过自己编写代码，但这是非常困难的(我在编程方面是新手)，我看过BioPython，但还没有找到任何东西。我想要这样的东西：> sp1 MQGAAYMQAAAYYMQA> sp3 MQGAARMQGAAYYMQM
> sp4 MQGAARMQGAAYYMQA
浏览 2修改于2017-06-15得票数 0
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我试图从一个文件中提取出所有的蛋白质名称，并将其保存为一个列表，但是我继续获得一个空列表作为我的输出。下面是文件中几行代码的示例。请注意，这个文件基本上是不同物种的蛋白质，我需要提取由物种的OS=名称表示的名称。贝娄是这个问题的说明：
通过文件protein_names.txt提取所有物种的名称。许多种都是由一种以上的蛋白质代表。
浏览 4修改于2020-06-20得票数 0
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我想使用R来分配链子，这样我就可以分析单个蛋白质链，并在每个链中找到特定的位置。
我目前正在使用Rpdb提取文件和示例数据(每个链的前几行从单个pdb文件)如下。
浏览 1修改于2015-07-21得票数 2
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我希望从一个序列中提取出所有的蛋氨酸残基。atgtttgaaatcgaagaacatatgaaggattcacaggtggaatacataattggccttcataatatcccattattgaatgcaactatttcagtgaagtgcacaggatttcaaagaactatgaatatgcaaggttgtgctaataaatttatgcaaagacattatgagaatcccctgacgggg
我想从序列中提取出任何这做了前两个提取，但没有进一步。
浏览 2修改于2013-12-02得票数 0
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我想使用Chimera可视化的PDB中的蛋白质结构数据来做两件事。我很乐意学习合适的工具和方法。·将蛋白质表面存在的氨基酸信息映射到序列特别是第二个，它看起来可以用Chimera的“库仑表面着色”来完成。
浏览 0提问于2020-07-10得票数 0
我试图通过一个基因id (GI)号从NCBI中获取蛋白质序列，使用Biopython的Entrez.fetch()函数。我可以打印结果，但是我不知道如何单独获得蛋白序列。我的问题：是否可能只检索蛋白质序列，而不是整个XML？或者，考虑到XML文件的结构可能因蛋白质而异，我如何从XML文件中提取蛋白质序列？
谢谢
浏览 2修改于2013-11-25得票数 2
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我在一个xml文件中有一个大型的蛋白质数据库，我需要从R中提取一些信息。该数据库按条目组织，其中包含我需要提取和格式化的特定蛋白质的信息。我想提取名称，类型为"EC“的所有dbReferences，以及每个条目的序列。
浏览 0修改于2014-05-24得票数 0
我试着从泛素蛋白中提取氮坐标。我有来自1UBQ.pdb网站的文件。我做了以下工作。/devanandt/Documents/VMD/1UBQ.pdb';y=x.Model.Atom
'y‘变量给出了1x602结构阵列，其中包括X，Y，Z等多个域，该蛋白质中有如何将(X，Y，Z)数据分别提取到数组中？
浏览 6提问于2014-10-07得票数 0
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好的，我有几百个感兴趣的蛋白质片段(699个序列)，我想要比对并建立一个邻居加入树。在许多情况下，这些片段彼此不能很好地对齐(相同或相似蛋白质的不同区域)。然而，整个蛋白质序列已经被定义并提交到NCBI和其他数据库等。也有文献中为这些蛋白质制作的树。有没有办法从我的元基因组中提取我的片段，并将它们与已知序列进行比对，以定义我的每个片段在已发表的树上的位置？我唯一的解决方案是在预定义的树上运行每个序列(或序列簇)(使用发表的原始完整蛋白质序列)，以便定义每个片段所在的位置。有没有更简单的方
浏览 0提问于2012-01-28得票数 0
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我试图使用生物巨蟒下载由特定机构排序的生物体列表中的所有蛋白质。我有有机体的名称和与每个有机体相关的生物项目；具体来说，我希望分析在最近的基因组序列中发现的蛋白质。我想大量下载蛋白质文件，用efetch尽可能友好的方式下载。，所以使用研究和尝试一次提取每一种蛋白质是不现实的。对于我感兴趣的所有生物体，我不能简单地在它们的核苷酸数据库中找到它们的基因组序列，并下载“蛋白质编码序列”。
如何才能以一种不会使NCBI服务器超载的方式获得我想要的这些蛋白质序列？我希望我能在NC
浏览 3修改于2014-07-14得票数 4
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我想从string-db.org中提取一个大型网络，因为web界面不支持超过2000个蛋白质。我需要大约100.000到200.000个蛋白质。我尝试过PS:我对癌症网络感兴趣，(蛋白质-蛋白质相互作用数据集)我已经尝试过了：biocLite("STRINGdb
浏览 4修改于2017-05-24得票数 2
我试图使用python urllib.request库从字母表网站下载.pdb (蛋白质数据库)文件，其中包含给定蛋白质的全部预测分子结构。在本例中，我试图下载一个带有uniprot的Q9BY15的蛋白质。条目包含到蛋白质的pdb文件的下载链接，如下所示；所述手动下载的文件具有以下命名格式；下面是我正在使用的代码块(最简单的形式)import urllib这是我在运
浏览 1修改于2022-04-19得票数 0
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我正在编写一个android应用程序，它将碳水化合物、蛋白质和脂肪的特定价值发送给服务器。我的数据库中包含食物项目，其中还提到了这些食品中所含的碳水化合物、蛋白质和脂肪含量。假设应用程序将碳水化合物、蛋白质和脂肪以30、40和50 gm的速度发送给服务器。然后服务器应该提取并发回含有碳水化合物在29-31，蛋白质在39-41，脂肪在49-51范围内的食物。食物表有食物清单，列有碳水化合物、蛋白质和脂肪。从这个例子中，我需要得到类似的食物项目，即棕色面包，白面包和杏仁。
浏览 1修改于2017-01-28得票数 0
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基本上我有两个大的fasta序列文件，第一个是蛋白质组fasta序列(所有的蛋白质序列)，第二个是同一生物体的转录因子序列fasta文件，我想知道是否有任何方法可以用这两个文件将非转录序列提取为fasta
浏览 0提问于2016-04-16得票数 0
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