Matlab :查询pdb文件中的所有氮坐标？

Question

我试着从泛素蛋白中提取氮坐标。我有来自1UBQ.pdb网站的http://rcsb.org/pdb/home/home.do文件。我做了以下工作。

pdb1 ='/home/devanandt/Documents/VMD/1UBQ.pdb';
x=pdbread(pdb1)
y=x.Model.Atom

'y‘变量给出了1x602结构阵列，其中包括X，Y，Z等多个域，该蛋白质中有76个残基，因此有76个氮族。如何将(X，Y，Z)数据分别提取到数组中？

Answer 1

如果每个x.Model.Atom.X都是单个数字(假定这是给定原子的X坐标)，那么：

X = [x.Model.Atom.X]; 
%etc for each field

应该返回X坐标的1x602向量

在某些情况下，您可能希望返回一个带有所有字段值的单元格数组：

out = {x.Model.Atom.somefield}

Answer 2

我就是这么做到的。

pdb1 ='/home/devanandt/Documents/VMD/1UBQ.pdb';
x=pdbread(pdb1);

atom={x.Model.Atom.AtomName};
n_i=find(strcmp(atom,'N')); % Find indices of atoms

X = [x.Model.Atom.X];
Y = [x.Model.Atom.Y];
Z = [x.Model.Atom.Z];

X_n = X(n_i); % X Y Z coordinates of N atoms
Y_n = Y(n_i);
Z_n = Z(n_i);