使用R bioconductor package STRINGdb操纵字符串db

Question

我想从string-db.org中提取一个大型网络，因为web界面不支持超过2000个蛋白质。我需要大约100.000到200.000个蛋白质。所以我使用R bioconductor package STRINGdb来探索数据库。由于我是R的新手，即使有了文档，我也不知道如何做到这一点，也不知道要使用的函数。我尝试过PS:我对癌症网络感兴趣，(蛋白质-蛋白质相互作用数据集)我已经尝试过了：

source("https://bioconductor.org/biocLite.R")
biocLite("STRINGdb")
library(STRINGdb)
string_db <- STRINGdb$new( version="10", species=9606, score_threshold=0.4, input_directory="" )
##Not sure if it is the right function to use##
string_proteins <- string_db$get_proteins()  ## Returns 20475 obs. 4 variables

我不知道该怎么做。

Answer 1

好的，我读到你想要2-4k蛋白质参与癌症过程的网络，并可能以某种方式在R中可视化它。嗯，很容易获得信息，邻居和特定蛋白质的相互作用，这来自手册：

tp53 = string_db$mp( "tp53" )
atm = string_db$mp( "atm" )
string_db$get_neighbors( c(tp53, atm) )
string_db$get_interactions( c(tp53, atm) )

因此，如果你列出了蛋白质，就很容易获得有关它们的信息。由于可视化，功能get_graph可能是有用的，它以c(tp53, atm)蛋白为载体。

给出更多你想做什么的信息，我们会弄清楚的:)