无法使用urllib.request从网站下载文件

Question

我试图使用python urllib.request库从字母表网站下载.pdb (蛋白质数据库)文件，其中包含给定蛋白质的全部预测分子结构。在本例中，我试图下载一个带有uniprot的Q9BY15的蛋白质。条目https://alphafold.ebi.ac.uk/entry/Q9BY15包含到蛋白质的pdb文件的下载链接，如下所示；

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所述手动下载的文件具有以下命名格式；

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下面是我正在使用的代码块(最简单的形式)

import os
import urllib
import urllib.request

url = 'https://alphafold.ebi.ac.uk/entry/'
prot = 'Q9BY15'
alphaname = 'AF-' + prot + '-F1-model_v2.pdb'
urllib.request.urlretrieve(url + prot, alphaname)

这是我在运行代码时得到的文件；

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正如您所看到的，该文件比实际文件的实际大小要小得多(尽管名称完全相同)，并且在通过蛋白质识别程序查看它时实际上是空的。我将如何重写这段代码来提取实际文件？

Answer 1

我不确定这是否能解决您的问题，但是下载Q9BY15的pdb文件的正确的url是https://alphafold.ebi.ac.uk/files/AF-Q9BY15-F1-model_v2.pdb

尝试将链接中的/entry/替换为/files/。