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我有一个床文件genome_cov.bed，指定基因组的覆盖范围在基因组的每一个位置。柱子是；脚手架，位置，盖子。39scaffold_1 9 58我想生成另一个复制第二列的床文件当我使用剪切-f时，我不能复制列，当我使用awk命令时：它不会生成床
浏览 0提问于2020-02-06得票数 0
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对于count=1s和起始和结尾之间的部分，合并重叠位置并输出计数的中值。chr start stop strand countchr1 13320 13321 - 2chr1 13328 13342 - 2chr1 13343 13344
浏览 0修改于2020-08-11得票数 6
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我在R中有相当大的数据帧，我需要转换成床文件。我使用下面的代码进行df->床转换，但是它非常慢。我想知道如何更快地以更聪明的方式将df转换到床上，同样是在R或bash中。下面是示例数据帧和床文件的前几行：7:115121211 7:115717553 7:115728606 7:115728881 7:115732922
浏览 1提问于2021-10-28得票数 0
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我有一个定制的参考基因组，gene.fa和18个床文件。我想要生成一个床文件，其中包含一个感兴趣的区域，5100-5600 bp，作为一个单一的条目，我可以使用我的18个床文件上的床工具相交，用于交叉口。我正在考虑从参考基因组中复制/粘贴感兴趣序列的区域，并将其对齐以生成我的床文件。问题是，我的参考基因组是一个三聚体，所以这个序列被重复了三次，在比对中会出现错误。
有更好的方法吗？你能使用与文本文件相交的工
浏览 12提问于2022-05-25得票数 0
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我想提取线条为每个染色体创建文件。我的源文件如下所示：
我可以运行awk '{OFS="\t"} {split($1, a, "r")} a[2]==1 {print $0}' MISA.bed > chr_1.bed。我尝试过这样做，它确实创建了正确的文件列表，但它们都是空的。
浏览 8修改于2022-12-01得票数 0
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如何使用R从FASTA文件中提取床文件中定义的每个间隔的序列？biocLite.R") library(BSgenome.Ggallus.UCSC.galGal4)
我的数据文件是
浏览 1提问于2016-02-01得票数 1
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对于一个生物信息学项目，我想把一个.BED文件读入熊猫的数据中，而不知道我如何做到这一点，也不知道需要什么工具/程序。
浏览 7修改于2020-10-02得票数 1
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我在R中有一个数据表，我想要计算重叠窗口的数目。这本质上是一个队列命令，似乎是可以使用床头工具完成的，但我不知道如何做到这一点，而不离开R。如果这有帮助的话，下面是我想做的一个小例子。提前感谢！chrom start end1 50 150chrom start end count1 50 100
浏览 4修改于2020-06-25得票数 2
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我有这样的床铺档案：chr1 11323785 11617177 0.862170087976540chr1 14750216 15119039 0.945945945945946chr1 29491029 309
浏览 2修改于2019-10-23得票数 0
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我必须比较5个床文件的重叠或共享区域，并制作重叠区域的维恩图。
我可以使用pybedtools，但它最多只能支持3个文件。
浏览 3修改于2020-10-02得票数 2
我已经使用findOverlaps(bed.1，bed.2)来获取重叠区域，现在我想将结果导出到新的床文件中，比如"xx.bed“。我怎样才能在R中做到这一点？6.42 0.8075350现在我想把这些导出到新的床文件中
浏览 13提问于2016-01-12得票数 0
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我有两个fasta文件，我想要匹配较短的序列，在FileB.fasta和原始序列是在FileA.fasta中，以获得它的坐标或位置。但我的输出格式不正确。有谁可以帮我？
浏览 1修改于2015-07-06得票数 0
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我想在下面命令中的文件中输入一个变量，这可能吗？
bedtools getfasta -s -fi Infile.fasta -bed OrderedFile.be
浏览 5修改于2020-12-17得票数 0
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我想要处理多个床文件，以查找重叠的区域。我将数据集读取为数据帧，如何有效地并行扫描两个数据集，以检测重叠区域发生在何处。我很困惑如何在R中实现这一点，请帮助处理生物信息学中的床格式文件。感谢有人指点我该怎么做..。
浏览 11修改于2020-10-02得票数 1
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我有一张床文件，格式如下：chr1 10004 10467 310.43 peak_1chr5 63044057 63044425 39.65 peak_5在百分比之后，它看起来是：
chr1 10004 1
浏览 0修改于2018-05-23得票数 2
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我想编写一些需要的单元测试blob_info = BlobInfo(blob_key)reader.readline()我不需要一种测试的方法，我想在测试用例setUp阶段的测试床存储中放置一些任意数据，这样我就可以对这些数据进行测试了。
浏览 2修改于2012-06-05得票数 3
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