过滤床文件中的重叠项

Question

我有一张床文件，看起来是这样的：

1   183113  183114  chr1:183113-183240  0   +
1   187286  187287  chr1:187128-187287  0   -
1   187576  187587  chr1:187375-187577  0   -
1   187580  187590  chr1:187379-187577  0   -

我的目标是只提取那些条目不与任何其他行重叠的行。据文档报道，一段时间以来，我一直在尝试将床上工具合并。我想使用特定的标志来计算每个“合并”片段的组成项，然后只保留那些值为"1“的条目，但问题来了:我不知道如何保存关于串、分数(这应该始终是0)和名称(这可以从前3列重构)的信息。有人知道怎么把这些东西放在一起吗？

输出应该与输入(上面)完全一样，但只与这些不与任何其他行重叠的行相同。

1   183113  183114  chr1:183113-183240  0   +
1   187286  187287  chr1:187128-187287  0   -

Answer 1

好吧，我算出来了：

1)计算原始输入中的重叠

bedtools merge -i IN.bed -c 1 -o count > counted

2)只过滤那些与任何内容不重叠的行。

awk '/\t1$/{print}' counted > filtered

3)将其与原始输入相交，只保留过滤后发现的原始行。

bedtools intersect -a IN.bed -b filtered -wa > OUT.bed