复制床文件的列以生成另一个床文件

Question

我有一个床文件genome_cov.bed，指定基因组的覆盖范围在基因组的每一个位置。柱子是；脚手架，位置，盖子。

scaffold_1      1       0
scaffold_1      2       0
scaffold_1      3       32
scaffold_1      4       34
scaffold_1      5       34
scaffold_1      6       39
scaffold_1      7       39
scaffold_1      8       53
scaffold_1      9       58
scaffold_1      10      60

我想生成另一个复制第二列的床文件。

当我使用剪切-f时，我不能复制列，当我使用awk命令时：

awk '{print $1,$2,$2,$3}' genome_cov.bed > genome_cov2.bed

它不会生成床铺文件，其结果如下所示：

scaffold_1 1 1 0
scaffold_1 2 2 0
scaffold_1 3 3 32
scaffold_1 4 4 34
scaffold_1 5 5 34
scaffold_1 6 6 39
scaffold_1 7 7 39
scaffold_1 8 8 53
scaffold_1 9 9 58
scaffold_1 10 10 60

Answer 1

可以将输出字段分隔符设置为制表符：

awk '{print $1,$2,$2,$3}' OFS='\t' genome_cov.bed

或者使用printf显式指定格式。

awk '{printf "%s\t%s\t%s\t%s\n",$1,$2,$2,$3}' genome_cov.bed