如何在R中导出重叠的GRanges对象作为新的床文件？

Question

我已经使用findOverlaps(bed.1，bed.2)来获取重叠区域，现在我想将结果导出到新的床文件中，比如"xx.bed“。我怎样才能在R中做到这一点？

overlapped GRanges object with 6 ranges and 3 metadata columns: (example)

      seqnames           ranges strand |         name     score    pvalue
         <Rle>        <IRanges>  <Rle> |  <character> <numeric> <numeric>
  [1]     chr1 [ 32726,  32784]      * |  MACS_peak_7      2.06 0.3138672
  [2]     chr1 [ 52473,  52531]      * | MACS_peak_11      2.06 0.3138672
  [3]     chr1 [136387, 136469]      * | MACS_peak_32      3.40 0.5314789
  [4]     chr1 [235352, 235410]      * | MACS_peak_41      2.06 0.3138672
  [5]     chr1 [540756, 540833]      * | MACS_peak_71      6.42 0.8075350
  [6]     chr1 [636637, 636718]      * | MACS_peak_90      4.86 0.6866363

现在我想把这些导出到新的床文件中。哪个R函数能做到这一点？有什么简单的R代码可以这样做吗？谢谢

Answer 1

让我们生成上述情况下的适当的可重复示例：

foo <- GRanges(
  seqnames=Rle(c("chr1", "chr2", "chr3", "chr4"), c(5, 6, 4, 3)),
  ranges=IRanges(seq(1, by=9, len=18), seq(6, by=9, len=18)),
  rangeName=letters[seq(1:18)], score=sample(1:25, 18, replace = FALSE))

然后，foo是要作为床格式文件导出的对象：

write.table(foo, "res.bed", append = TRUE, sep = "")

或者使用rtracklayer包中的export.bed，两者的结果是相同的：

rtracklayer::export.bed(foo, "~/res.bed")