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我正在尝试使用ABySS基因组装配器从原始的fastq读取中创建重叠群。我通过SSH在我的大学的Linux服务器上工作。
浏览 43修改于2020-07-24得票数 0
我已经将一个大的fastq文件分割成6到7个更小的、更“可管理”的文件，以便进行基因组组装。
现在将输出文件(contigs.fasta)重新组合在一起是“生物学上正确的”吗？
浏览 31修改于2020-09-07得票数 0
我一直在尝试使用"bedtools coverage“命令来评估我的基因组集合的覆盖率和任何倒置的存在等等。我肯定对某些事情有一个根本的误解:我使用BWA从我的illumina读取和参考基因组创建了一个BAM文件。我的印象是，这份BAM文件是我与上述基因组的比对。那么为什么我需要将基因组输入到床上工具的覆盖范围--我的BAM文件不应该已经包含了相关的基因组吗？对于如何处理这个问题，或者第二个合适的输入是什么，有什么建议吗？
浏览 0提问于2018-12-12得票数 0
我正在使用一个unix shell脚本，它可以构建基因组，然后创建一个系统发展史。根据您使用的基因组组装器，最终输出(系统发生图)可能会发生变化。我希望比较使用不同基因组组装器的效果。
浏览 3修改于2015-02-27得票数 3
1)生成我的新组装的转录本的BED文件(基于人类参考基因组的坐标。下面称为"human_refseq_nooverlap_bed“的文件)；3
浏览 2修改于2013-09-18得票数 0
通常，基因组被表示为同质元素的序列，如二进制数、逻辑门、初等函数等，然后这些元素可以组装成一个同构结构，就像计算机程序或3D对象的语法树一样。在基因组中编码这样一个图结构是相当简单的，然而，我也需要为X、Y和Z本身所做的事情附加附加信息--这实际上是GA的主要目标。因此，我的基因组似乎应该编码一个异构实体:一个由结构图和功能规范组成的实体。并不是不可能将编码结构的元素(基因)和在单亲“基因”下编码功能的元素(基因)包含在一起，然后在组装实体时简单地将它们分开，但这并不是正确的方法。
这是遗传算法中常见的问
浏览 0提问于2018-09-20得票数 0
我已经从NCBI下载了240个基因组，当它们下载时，它们会根据它们的组装编号得到一个文件名。我想根据它们的物种名称来重命名这些文件，而不是它们的汇编编号，因为这将使数据的解释变得容易得多。文件名示例: GCF_000014225.1_ASM1422v1_genomic.fna显然，如果我能去掉NC_008228.1和完整的基因组，我会很高兴，但仅仅是fasta头文件名会让我的生活变得更容易(另一种选择是做manually...bu
浏览 2提问于2018-07-05得票数 1
我正在一个XSEDE资源上运行一个基因组组装程序*Trinity，，如果感兴趣的话。硬件将线程数限制在2500，程序总是希望超过2500。有没有一种简单的方法来限制执行的线程数量？
浏览 4修改于2011-12-10得票数 9
我有另一个依赖于Qt4的程序(用于基因组组装的鹰眼)，但是当我运行它时，它给出了错误消息：我检查了
浏览 14修改于2011-08-12得票数 0
我在使用ABySS组装从NCBI下载的读取时遇到了一些困难。name=SRR530529_1 k=27 in=/home/bilalm/H_glaber_quality_filtering/AfterQC/good_reads/SRR530529.good.fq干杯，比利。
浏览 4提问于2020-07-25得票数 0
我正试图在Mac上编译基因组汇编程序，并遇到了几个错误。我们的实验室有一个高性能的mac，我们真的很想用它来组装基因组。我也尝试了和与v2.2.2，并得到同样的错误。
浏览 3提问于2021-10-18得票数 0
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我是新来的，我有一个组装基因组，我读了字符串集然后我得到了这个假设我hAVE一个更大的基因组，我只知道我感兴趣的字符串的长度，但我不知道它的确切位置，白化排序，我怎么能找到它呢？
浏览 2修改于2018-12-11得票数 0
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我正在研究2600+基因组，希望研究不同群体的基因组、基因和基因间的特征。如果分类组只有很少的代表，就没有问题。在分类组具有多个基因组的情况下，我应该在什么基础上删除相似的基因组，以便从每个分类组中只获得几个代表。我是否应该使用lenght或GC%或其他特征来删除基因组-例如，如果两个基因组的GC%变异小于1%，我将删除它。类似这样的事情。请建议接受的方式，并友好地解释原因以及。tuberculosis alone which have
GC% range of 65.48 to 65.
浏览 1提问于2013-09-27得票数 0
1回答
目前，该程序使用多态性允许多种类型的基因组。，它可以有任何类型的行为，与其他的物状体类型没有任何共同之处，有些基因组使用直接的编码方案，不需要被解码成一个小体。因此，每个基因组都必须由用户向他相应的子类投射，才能揭露它的行为，这看起来非常丑陋。问题是基因组的每个子类都是--基因组，需要有一些特定的功能才能工作，所以多态性是非常有意义的。我希望能够创建任何类型的基因组(NeuralNetwork，Interface，一个图像，.)，所以我使用一个接口和子类来实现这一点，这样种群中的向量就可
浏览 0修改于2019-05-06得票数 0
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我想要阅读基因组中特定区域的所有呼叫。与基因型无关(等于参考基因组或交替、编码或非编码区)。假设所有的基因组都被测序了。我应该看下面哪个表？我正在使用谷歌BigQuery基因组学数据，需要解释以下文件扩展名之间的差异：*.genome_calls *.variants *.multisample_variants *.single_sample_genome_calls
浏览 4提问于2017-12-07得票数 0
我想构建一个堆叠的条形图，x轴代表基因组(或仅仅是有机体)的数量，y轴代表基因组的确切数量中出现的基因簇的数量。因为我知道这些基因来自哪些有机体，我希望每个条形图都能显示每个基因组在构建这个条形图中的影响。,"E", "D", "N", "*"), genome3_genes = c("*","*", "L", "H", "O", "P,A")
浏览 17修改于2019-05-24得票数 0
2回答
正在尝试使用谷歌基因组学，请按照此处的说明进行操作：
正在尝试设置OAuth客户端id (第4节:身份验证)，在GoogleCloud控制台中，步骤c告诉我：“在API和身份验证选项卡上，选择API并确保基因组学如何将基因组API“添加”到列表中？(我已经被批准参加谷歌基因组学预览)。
浏览 6修改于2014-10-11得票数 1
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