Platanus_allee基因组汇编程序错误失败

Question

我试图运行Platanus_allee基因组汇编程序来组装一个基因组。但是，当我运行阶段命令时，它会出现以下错误：

我的命令：

bio@bio-XPS-8700:~/Fareeha/Platanus/Platanus_allee_v2.0.2_Linux_x86_64$ ./platanus_allee相-c out_contig.fa out_junctionKmer.fa \platanus_allee相位\ -c out_contig.fa out_junctionKmer.fa \ -IP1 out_junctionKmer.fa270_2磁头-3000000.fq\ 2>phase.log

输出:

platanus_allee版本: 2.0.2

./platanus_allee相-c out_contig.fa out_junctionKmer.fa platanus_allee相位-c out_contig.fa out_junctionKmer.fa -IP1 -IP1 2

错误(13)：错误，SolveDBG异常！！platanus_allee solve_DBG命令失败。

有人能帮我解决这个问题吗？

Answer 1

在platanus2的阶段，我通过使用conda安装minimap2来解决这个问题，一切都应该正常工作。

conda install -c bioconda minimap2