使用ABySS组装SRA序列时出错

Question

我在使用ABySS组装从NCBI下载的读取时遇到了一些困难。

我使用的命令是：

abyss-pe name=SRR530529_1 k=27 in=/home/bilalm/H_glaber_quality_filtering/AfterQC/good_reads/SRR530529.good.fq

但组装过程已经停止，出现了一条错误消息“Abyss-：error:所有读取都是不成熟的.”。

错误消息的尾部是：

Building the Burrows-Wheeler transform...
Building the character occurrence table...
Mateless   193637763  100%
Unaligned          0
Singleton          0
FR                 0
RF                 0
FF                 0
Different          0
Total      193637763

abyss-fixmate: error: All reads are mateless. This can happen when first and second read IDs do not match.
error: `SRR530529-3.hist': No such file or directory
/usr/bin/abyss-pe:561: recipe for target 'SRR530529-3.dist' failed
make: *** [SRR530529-3.dist] Error 1
make: *** Deleting file 'SRR530529-3.dist'

ABySS版本: 2.0.1 fastq文件大小为: 52G

发生了什么？不成熟是什么意思？我的意图是清理数据，然后利用我从NCBI下载的4个fastq (SRR530529、SRR530530、SRR530531和SRR530532)组装裸鼠基因组。

干杯，比利。

Answer 1

您正在使用深渊程序来组装成对的终端读取，但您只提供了一个文件。如果您有成对读尾，则每对必须具有相同的名称，以便它们可以被识别为一对。通常，您会让正向和反向读取两个分开的文件，并将它们喂给如下所示：

abyss-pe name=SRR530529_1 k=27 in='reads1.fa reads2.fa'

如果您有单个读取(未匹配)，那么我不确定深渊是否会工作，但您可以尝试如下：

abyss-pe name=SRR530529_1 k=27 se=/home/bilalm/H_glaber_quality_filtering/AfterQC/good_reads/SRR530529.good.fq