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问基因组组装的‘’abyss pe‘故障
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Stack Overflow用户

提问于 2020-07-24 04:39:34

回答 1查看 57关注 0票数 0

我正在尝试使用ABySS基因组装配器从原始的fastq读取中创建重叠群。我通过SSH在我的大学的Linux服务器上工作。

我使用的命令是：

 abyss-pe name=SRR530529_1 k=27 in= /home/bilalm/H_glaber_quality_filtering/AfterQC/good_reads/SRR530529.good.fq

来自终端的输出：

make: Nothing to be done for '/home/bilalm/H_glaber_quality_filtering_AfterQC_good_reads/SRR530529.good.fq'.

我做错了什么？我是否遗漏了命令？是权限问题吗？

linux

makefile

bioinformatics

dna-sequence

genome

回答 1

Stack Overflow用户

发布于 2020-07-24 17:51:13

参数列表中有一个空格，将一个参数拆分为两个参数。将其更改为：

abyss-pe name=SRR530529_1 k=27 in=/home/bilalm/H_glaber_quality_filtering/AfterQC/good_reads/SRR530529.good.fq
#---------------------------------^ Notice how the space has been removed

票数 1

页面原文内容由Stack Overflow提供。腾讯云小微IT领域专用引擎提供翻译支持

原文链接：

https://stackoverflow.com/questions/63062792

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