在Mac大Sur上编译Platanus v1.2.4基因组汇编程序的错误

Question

我正试图在Mac上编译基因组汇编程序桔梗1.2.4，并遇到了几个错误。我们的实验室有一个高性能的mac，我们真的很想用它来组装基因组。我也尝试了和与v2.2.2，并得到同样的错误。

(base) XXXX Platanus_v1.2.4 % make
g++ -o main.o -c main.cpp -std=c++0x -O3 -funroll-loops -Wall -fopenmp -finline-limit-50000 -lm -Dnullptr=0
clang: error: unknown argument: '-finline-limit-50000'
clang: warning: -lm: 'linker' input unused [-Wunused-command-line-argument]
clang: error: unsupported option '-fopenmp'
make: *** [Makefile:14: main.o] Error 1

我能够摆脱第三个错误(不受支持的选项'-fopenmp')与使用OpenMP的自制llvm包。我更改了第一行中的编译器，并将-I/usr/local/opt/llvm/include添加到第二行(从这个岗位上)

CXX = /usr/local/opt/llvm/bin/clang
CXXFLAGS = -I/usr/local/opt/llvm/include -std=c++0x -O3 -funroll-loops -Wall -fopenmp -finline-limit-50000 -lm -Dnullptr=0

然而，我不知道如何通过‘-finline-限制’和'lm‘错误。有人处理过这些错误吗？

谢谢你的帮忙!

Answer 1

我找到的解决方案是使用Docker来安装Ubuntu容器。

我刚刚设置了Ubuntu容器，我安装了构建-基本的，git，wget，纳米，miniconda3，和conda安装了minimap2。在那之后，Platanus预编译的二进制程序在它里面完美地工作！超容易的！

确保增加Docker的内存、磁盘空间和cpu空间，使其与Platanus所需的任何内容相匹配。