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安装完成后，我通过运行python -m skbio.test验证了安装ERROR AppData/Local/Programs/Python/Python37/lib/site-packages/skbio/io/tests/test_util.py::TestWriteBufferedReader::test_open_gzip - PermissionE...错误AppData/Local/Pro
浏览 0提问于2020-12-01得票数 0
我想在我的代码的某一部分使用skbio模块。我尝试安装skbio (pip install scikit-bio)，但它显示它不支持python 2，它只在python 3中可用。我甚至尝试在我的代码中从未来导入skbio，但它不起作用。有没有什么办法可以在我的python 2版本中安装和使用skbio模块？
提前谢谢。
浏览 26提问于2017-06-19得票数 0
当我执行以下操作时，如果省略了alignment_fh.close() skbio，就会在get块中读取'non‘行，这使我认为我需要先关闭该文件，因此它将从开头开始，但是如果我添加了alignment_fh.closetry:except: aln = skbio.TabularMSA.read(alignment_
浏览 4提问于2017-09-01得票数 2
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我使用的是来自skbio (0.5.4)的smith-waterman的包装版本，但我有一个未经检查的错误：文件"/anaconda3/lib/python3.6/site-packages/skbio/alignmentpairwise.py"，第732行，在local_pa
浏览 0提问于2019-02-27得票数 0
我偶然发现了skbio和sklearn的实现。我不明白为什么每次sklearn**'s实现都是不同的，而** skbio 是一样的？使用Principal Coordinate Analysis运行Scikit-bio (即Skbio)总是得到相同的结果：import pandas as pdimport decomposition
import seaborn as sns; sns.set_style("whitegrid", {'axes.grid
浏览 8提问于2016-08-11得票数 6
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如果我在交互式会话中导入DNASequence，则会收到一条错误消息：Traceback (most recentcall last): File "/usr/local/lib/python3.4/site-packages/skbio/__init_
浏览 5提问于2014-10-08得票数 5
我正在研究skbio's PCoA方法的attributes (如下所列)。import decompositionimport skbiodistance.squareform(distance.pdist(DF_standard.T, metric="braycurtis")) # (m x m) distance measure
DM_d
浏览 9提问于2016-07-15得票数 4
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与在pycogent中实现相比，skbio中的实现给出了一个奇怪的结果。from cogent.align.algorithm import nw_align as nw_align_cogent
from skbio.alignment import global_pairwise_align_nucleotide
浏览 0提问于2014-08-15得票数 2
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例如(从)，skbio/math/diversity/beta/tests/test_base.py没有调用warn.filterwarnings，因此，如预期的那样，如果在测试期间生成警告，则会将其打印到屏幕上：../Users/caporaso/Dropbox/code/skbio</
浏览 3修改于2014-06-25得票数 2
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:C:\Users\ABC\Anaconda3\PCbuild\amd64" /EXPORT:PyInit___sublease\skbio/stats\__subsample.lib /MANIFESTFILE:build\temp.win-amd64-3.4\Releasetiple times; using first specification
浏览 2修改于2017-05-23得票数 2
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我试着通过在文档中运行conda install -c https://conda.anaconda.org/biocore scikit-bio来安装scikit-bio，但是通过python -m skbio.test验证安装会产生以下错误：Error while finding module specification for 'skbio.test' (ModuleNotFoundError: No modulenamed 'skbio')。
浏览 8提问于2021-08-18得票数 0
当在Google上导入skbio包时，我收到了一个错误。错误消息与SpearmanRConstantInputWarning包的scipy.stats相关。我该怎么做才能解决这个问题？我尝试过卸载和安装skbio和scipy，但是它没有起作用。
浏览 6提问于2022-06-24得票数 2
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我已经在我的mac上安装了scikit-bio，当我运行python -m skbio.test时，我得到了以下错误：import httpretty
ImportError: No module named httpretty
浏览 8修改于2016-09-08得票数 0
Wstrict-prototypes -fPIC -I/usr/lib/python2.7/dist-packages/numpy/core/include -I/usr/include/python2.7 -c skbio/alignment/_ssw/_ssw_wrapper.c -o build/temp.linux-i686-2.7/skbio/alignment/_ssw/
浏览 4提问于2014-10-06得票数 3
2回答
最后，我试图将fastq文件解压到字典中：seqs = skbio.io.read(f, format='fastq')seq_dic[seq] = 1%%timeseqs = skbio.io.readWall time: 47.8 s
我的理解是，不验证序列会改善运行时间，但情况似乎并非如此
浏览 5修改于2017-06-23得票数 3
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我希望有一种方法可以在生成器中显式地指定这一点，例如：seqs = skbio.io.read(f, format='fasta')
seqs
浏览 4修改于2020-03-09得票数 30
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如何编辑以下行，以便在scikit-bio0.4.1.dev0中使用 (而不是前面支持的对齐)：
from skbio import Alignment ...
浏览 3提问于2016-01-12得票数 1
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我使用了以下代码： from pandas import DataFramefrom skbio import TreeNode
from gneiss.regression
浏览 18提问于2020-08-11得票数 0
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