在skbio中打开用于TabularMSA的文件句柄

Question

嘿斯皮奥小队。

所以我需要允许DNA或RNA MSA。当我执行以下操作时，如果省略了alignment_fh.close() skbio，就会在get块中读取'non‘行，这使我认为我需要先关闭该文件，因此它将从开头开始，但是如果我添加了alignment_fh.close()，则无法让它读取该文件。我尝试过通过各种方法打开它，但我认为TabularMSA.read()应该允许文件或文件句柄。有什么想法？谢谢!

try:
    aln = skbio.TabularMSA.read(alignment_fh, constructor=skbio.RNA)
except:
    alignment_fh.close()
    aln = skbio.TabularMSA.read(alignment_fh, constructor=skbio.DNA)

Answer 1

我尝试过通过各种方法打开它，但我认为TabularMSA.read()应该允许文件或文件句柄。

您是正确的: scikit-bio通常支持使用打开的文件句柄或文件路径来读取和写入文件。

您遇到的问题是，您的第一个TabularMSA.read()调用读取打开的文件句柄的全部内容，因此当第二个TabularMSA.read()调用在except块内命中时，文件指针已经位于打开的文件句柄的末尾--这就是为什么您收到一条错误消息，提示文件为空。

这种行为是有意的；当scikit-bio被赋予一个打开的文件句柄时，它将从文件中读取或写入文件，但不会尝试管理句柄的文件指针(这种类型的管理取决于代码的调用者)。

现在，当要求scikit-bio读取文件路径(即包含磁盘上文件路径的字符串或在某个URI上可访问的文件路径)时，scikit-bio将为您处理打开和关闭文件句柄的问题，因此这通常是比较容易的方法。

您可以使用文件路径或文件句柄来完成您的目标。在下面的示例中，假设aln_filepath是指向磁盘上对齐文件的str (例如"/path/to/my/alignment.fasta")。

• 带有文件路径的：，您可以简单地将文件路径传递给两个TabularMSA.read()调用；对于您来说，不需要open()或close()调用。 try: aln = skbio.TabularMSA.read(aln_filepath，constructor=skbio.RNA)，但ValueError: aln = skbio.TabularMSA.read(aln_filepath，constructor=skbio.DNA)除外
• 带有文件句柄的：在第二次读取之前，您需要打开文件句柄并重置except块中的文件指针。 使用open(aln_filepath，'r')作为aln_filehandle: try: aln = skbio.TabularMSA.read(aln_filehandle，constructor=skbio.RNA)，但ValueError: aln_filehandle.seek(0) # reset文件指针指向文件的开头，aln = skbio.TabularMSA.read(aln_filehandle，constructor=skbio.DNA)

注意:在这两个示例中，我都使用了except ValueError而不是"catch-all“except语句。我建议捕获特定的错误类型(例如ValueError)，而不是任何异常，因为代码可能以不同于您预期的方式失败。例如，使用“所有捕获”except语句，用户将无法用Ctrl-C中断您的程序，因为KeyboardInterrupt将被捕获和忽略。