使用skbio读取压缩的FASTA bz2文件

Question

是否可以读取压缩文件(例如，FASTA bz2)？我通常使用skbio.sequence.Sequence.read，但在那里看不到这个选项。

谢谢!

Answer 1

这可以按如下方式进行：

import skbio
seq = skbio.io.read("seqs.fna.bz2", format='fasta', compression='bz2', into=skbio.DNA)

我使用的是scikit-bio 0.5.0，但这在早期版本中也是可能的。虽然我显式地定义了压缩类型，但这通常不是必需的。

相关文档为here和here。