使用skbio 0.5.4中的smith-waterman时出错

Question

我使用的是来自skbio (0.5.4)的smith-waterman的包装版本，但我有一个未经检查的错误：

_，score，_= local_pairwise_align_ssw(protein_listidx1，protein_listidx2，substitution_matrix = blosum62)

文件"/anaconda3/lib/python3.6/site-packages/skbio/alignment/_pairwise.py"，第732行，在local_pairwise_align_ssw中

 validate=False)

File "/anaconda3/lib/python3.6/site-packages/skbio/alignment /_tabular_msa.py"，第785行，在__init__中

 reset\_index=minter is None and index is None)

File "/anaconda3/lib/python3.6/site-packages/skbio/alignment /_tabular_msa.py"，第1956行，在扩展中

 self.\_assert\_valid\_sequences(sequences)

File "/anaconda3/lib/python3.6/site-packages/skbio/alignment /_tabular_msa.py"，2035行，在_assert_valid_sequences中

 % (length, expected\_length))

ValueError:每个序列的长度必须与MSA中的位置数匹配: 232 != 231

奇怪的是，有时错误出现在蛋白质对0-10，而其他错误出现在0-116。所以，我不认为这是来自蛋白质的错误。

Answer 1

我也有类似的问题。但是，我能够将错误限制在优化的SSW版本中。因此，序列格式中没有错误。

import warnings
from skbio.sequence import Protein
with warnings.catch_warnings():
    warnings.filterwarnings("ignore", message="...")
    from Bio.Align import substitution_matrices
from skbio.alignment import local_pairwise_align_ssw
from skbio.alignment import local_pairwise_align

peptide1 = Protein("CGAGDNQAGTALIF")
peptide2 = Protein("CAGEEGGGADGLTF")
gap_open_penalty = 10
gap_extend_penalty = 10
substitution_matrix = substitution_matrices.load("BLOSUM45")

## works correct
rv = local_pairwise_align_ssw(
      sequence1 = peptide1
    , sequence2 = peptide2
    , gap_open_penalty=1
    , gap_extend_penalty=1
    , substitution_matrix=substitution_matrix
)
print(rv)

## but if I swap peptide1 and peptide 2 the ValueError occur
rv = local_pairwise_align_ssw(
      sequence1 = peptide2
    , sequence2 = peptide1
    , gap_open_penalty=1
    , gap_extend_penalty=1
    , substitution_matrix=substitution_matrix
)
print(rv)

## if I do the same with local_pairwise_align it works!
rv = local_pairwise_align(
      seq1=peptide2
    , seq2=peptide1
    , gap_open_penalty=1
    , gap_extend_penalty=1
    , substitution_matrix=substitution_matrix
)
print(rv)