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我想知道如何提高picard的SortSam速度？运行它需要很长时间，我知道GATK可以是多线程的，但我还没有在Picard上找到示例。
我想知道其他人是如何解决这个问题的？
浏览 3修改于2018-02-14得票数 0
我是新手使用snakemake，我有一个问题，当使用PICARD MergeSamFiles合并bam文件为一个bam文件。import snakemake.io (SAMPLES,)=glob_wildcards("bam/{samplerule merge_bams: output: "bam/{NAME
浏览 29修改于2019-05-27得票数 1
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我试图将BMA文件转换为FASTQ格式，使用picard.jar。这是我的命令：
java -jar /opt/picard-tools/picard.jar SamToFastq \ I=chr2chr3.bam \ FASTQ=chr2chr3.f1.fastq
浏览 2修改于2016-08-27得票数 0
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只是无法将标签写到视频文件上，反而产生了这个错误(行号可能会有所不同)： File "picard/util/thread.pyo", line 46, in run File "picard/
浏览 2提问于2018-06-17得票数 0
我需要使用picard包将它们合并在一起，我想找到一种方法来做得更好。basic command: I=input_1.bam \ O=merged_files.bamdirectory 1: I=input_16.bam \ I=input_81I=input_34.bam \ ...
浏览 64修改于2017-12-22得票数 0
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在查看这个文件时，有一些神秘的错误，我根本找不到：有时(但更少)我也得到了：
Line: 1 ReferenceError: Can't find variable: ____PICARD_BRIDGE_EVENT_CALLBACK
浏览 3提问于2015-10-17得票数 1
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Picard可以使用SamToFastq做到这一点，正如它在该工具的文档中所说的那样，它可以接受bam或sam文件。[Wed Jun 20 14:14:21 BST 2012] net.sf.picar
浏览 20修改于2020-09-17得票数 0
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目前，我正在使用Mathematica代码来执行Picard迭代。代码本身运行良好，但我正在努力使其更高效。我已经取得了一些成功，但我正在寻求建议。
浏览 3修改于2011-08-14得票数 0
我已经在我的HPC群集中安装了一个生物信息学工具Picard 2.20，以便对我的基因组对齐文件运行一些指标。Picard 2.20需要JDK1.8，而我们的集群有1.6，所以我在集群的主目录中安装了JDK 1.8，并为PATH和LD_LIBRARY设置了环境变量，以使其正常工作。我检查了jdk_1.8和Picard是否正确安装，因为它们在调用必要的命令时显示了自定义的-help页面。这是可行的
java -Xmx2g -jar /home/vdas/tools/picard-too
浏览 0修改于2016-04-07得票数 1
我想知道.captain.picard * #riker是什么意思。例如： <p id="riker">One</p> <p id="peakout">Three</p>
.captain.picard
浏览 7修改于2016-09-21得票数 0
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上下文因此，我想知道如何使单个Bash脚本在引导时自动运行命令picard？(理想情况下，在后台不显示GUI)
浏览 0提问于2022-06-13得票数 0
我正在为matlab中的picard方法编写一个程序。这需要对要被积分多项式替换的函数进行多次迭代。polynomial = 0;
%Picard
浏览 4修改于2016-12-21得票数 2
我一直在尝试写一个Picard插件。我的想法是，它自动插入音译的曲目列表，作为用非拉丁脚本编写的带有曲目标题的版本的注释。MusicBrainz将这些音译包含为与实际版本并行存在的伪版本。因为这个关系不能作为Picard变量使用，所以它不能通过API中指示的任何方式访问。
我一直在寻找皮卡德和的来源，但没有找到任何东西。这有可能吗?如果可能的话，我该怎么做？
浏览 6提问于2014-07-07得票数 0
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project projectID \--logging gs://bucket/logging \--command 'java -Xmx8G -jar picard.jar FastqToSam FASTQ=gs://bucket/S_1.fq FASTQ2=gs://bucket/S_2.
浏览 11修改于2018-06-10得票数 0
上传一些图片后，我使用piczard库来调整它们的大小。Dim resizeFilter As ScaledResizeConstraint = New ScaledResizeConstraint(1000, 800) resizeFilter.SaveProcessedImageToFileSystem(originalLocation, photo.GetPhotoPath(photoId), New JpegFormatEncoderParams(85))
然而，当我上传全
浏览 1修改于2014-09-10得票数 1
我有规则picard_dupes，它产生三个输出、度量、bai和bai文件。但是，与通过输出创建的bai和度量不同，bai是在不包含在输出中的CREATE_INDEX中创建的。在规则中，picard_bai将此文件重命名为可在以后的规则中识别。但是，我收到了一个错误:丢失了规则picard_bai的输入文件。这告诉我的Snakemake正在尝试在picard_bai之前执行picard_dup。我如何才能让它工作在我的bai是输出，而不是在输出移动到下一个规则输入？rule picard
浏览 4修改于2022-05-02得票数 0
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picard bash[135]: debug1: identity file /home/test/.ssh/id_rsa-cert type -1Jun 7 17:54:23 picard bash[135]picard bash[135]: debug1: ssh_rsa
浏览 0修改于2018-07-29得票数 7
我尝试在picard中执行几个不同的命令(当前是AddOrReplaceReadGroups，参见下面)，但是得到了错误：“无法访问jarfile”。我在conda虚拟环境中的bash ( linux服务器上)中工作；picard安装在这个虚拟环境的bin中，并且在激活环境时运行代码。
我尝试在安装picard的同一个目录中运行代码。我添加了将picard保存到path的目录：export PATH=/home/scarvey/miniconda3/envs/stacks_
浏览 13提问于2022-10-03得票数 -1
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我在试图安装Picard时遇到了错误：Collecting picardRequirement) (4.19.17)
Bu
浏览 1提问于2019-06-24得票数 0
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