无法访问jar文件(安装在conda虚拟环境中)

Question

我尝试在picard中执行几个不同的命令(当前是AddOrReplaceReadGroups，参见下面)，但是得到了错误：“无法访问jarfile”。我已经尝试过解决这个看似常见的问题的所有解决方案，但似乎无法解决这个问题。我在conda虚拟环境中的bash ( linux服务器上)中工作；picard安装在这个虚拟环境的bin中，并且在激活环境时运行代码。

我尝试在安装picard的同一个目录中运行代码。我添加了将picard保存到path的目录：export PATH=/home/scarvey/miniconda3/envs/stacks_venv/bin:$PATH。我将picard保存为一个环境变量：PICARD="/path/to/picard/picard.java"。我已经运行了完整的路径到picard和正在调用的文件的代码。我检查了我是否安装了java java --version，结果是:OpenJDK17.0.3-内部2022-04-19

运行AddOrReplaceReadGroups的代码：

java -jar $PICARD AddOrReplaceReadGroups I=ATPU_MSI_101505899.1.sorted.bam O=ATPU.MSI.101505899.rg.sorted.bam RGID=NovaSeq.QCarvey1.TACAT RGLB=NovaSeq.QCarvey1 RGPL=illumina RGPU=NovaSeq.QCarvey1.TACAT RGSM=MSI.101505899

我想这其中有一个元素我还没有考虑过，但我觉得我已经尝试了我能找到的所有解决方案。我衷心感谢任何帮助。

Answer 1

如果您从bioconda通道安装最新版本的picard (v2.27.4)并激活conda环境，那么您的path中将有一个程序picard。然后，您可以这样运行它：

$ picard AddOrReplaceReadGroups I=ATPU_MSI_101505899.1.sorted.bam O=ATPU.MSI.101505899.rg.sorted.bam RGID=NovaSeq.QCarvey1.TACAT RGLB=NovaSeq.QCarvey1 RGPL=illumina RGPU=NovaSeq.QCarvey1.TACAT RGSM=MSI.101505899

picard程序是一个执行java -jar ...的shell脚本，因此您不需要直接运行java。