如何在谷歌云上使用picard dock将fastq转换为uBAM

Question

我一直在尝试将我在谷歌云上的fastq文件转换成uBAM文件，但到目前为止还没有成功。下面是我使用的代码：

dsub \
--project projectID \
--zones "us-central1-*" \
--logging gs://bucket/logging \
--image broadinstitute/picard \
--command 'java -Xmx8G -jar picard.jar FastqToSam FASTQ=gs://bucket/S_1.fq FASTQ2=gs://bucket/S_2.fq OUTPUT=gs://bucket/S_fastqtosam.bam READ_GROUP_NAME=Cancers SAMPLE_NAME=TS LIBRARY_NAME=Solexa-272222 PLATFORM_UNIT=CL100056 PLATFORM=illumina SEQUENCING_CENTER=BI RUN_DATE=2017-08-20T00:00:00-0400'
--wait

我可以看到镜像已被拉入并成功运行，但随后我收到错误消息，指出命令不正确，请检查PicardcommandLine -h

有没有人有使用谷歌云将fastq转换为uBAM的经验？PLease帮助。非常感谢。谢谢。

Answer 1

broadinstitute/picard docker镜像已经将java作为其入口点运行(有关更多详细信息，请参阅1)。您需要更改命令以删除java -Xmx8G -jar picard.jar。

我也不确定是否可以将云存储路径直接传递给picard，您可能需要在运行dsub时指定额外的参数(--input和--output)。有关更多详细信息，请参阅https://github.com/DataBiosphere/dsub/blob/master/docs/input_output.md。

1将Entrypoint定义为"/usr/picard/docker_helper.sh"，这是直接运行java的file。每个docker映像都有自己的入口点，因此确保对每个docker映像使用正确的命令非常重要。