未被识别的选项:i picard.jar

Question

我试图将BMA文件转换为FASTQ格式，使用picard.jar。这是我的命令：

java -jar /opt/picard-tools/picard.jar SamToFastq \ I=chr2chr3.bam \ FASTQ=chr2chr3.f1.fastq \ SECOND_END_FASTQ=chr2chr3.f2.fastq

不过，我收到了以下错误消息：

错误:未识别选项:i

我完全糊涂了，有什么想法吗？

Answer 1

移除反斜杠

java -jar /opt/picard-tools/picard.jar SamToFastq  I=chr2chr3.bam  FASTQ=chr2chr3.f1.fastq  SECOND_END_FASTQ=chr2chr3.f2.fastq

注意：

• 您可以压缩快速in，忽略BAM中的小错误。 java -jar /opt/picard-tools/picard.jar SamToFastq I=chr2chr3.bam FASTQ=chr2chr3.f1.fastq.gz SECOND_END_FASTQ=chr2chr3.f2.fastq.gz VALIDATION_STRINGENCY=LENIENT
• 关于生物信息学问题，你最好问一下https://www.biostars.org/或http://seqanswers.com/forums/search.php?do=getnew

Answer 2

试着：

java -jar /opt/picard-tools/picard.jar SamToFastq \ 'I=chr2chr3.bam' \ FASTQ=chr2chr3.f1.fastq \ SECOND_END_FASTQ=chr2chr3.f2.fastq