下一个规则输入的非传统Snakemake输出

Question

我有一个奇怪的Snakemake规则，我想创建Snakemake文档没有描述的规则。我有规则picard_dupes，它产生三个输出、度量、bai和bai文件。但是，与通过输出创建的bai和度量不同，bai是在不包含在输出中的CREATE_INDEX中创建的。创建一个.bai而不是bam.bai文件。在规则中，picard_bai将此文件重命名为可在以后的规则中识别。但是，我收到了一个错误:丢失了规则picard_bai的输入文件。这告诉我的Snakemake正在尝试在picard_bai之前执行picard_dup。我如何才能让它工作在我的bai是输出，而不是在输出移动到下一个规则输入？

rule picard_dupes:
    input: rules.star_aligner.output.bam
    output:
        bam = 'picard/{sampleID}_marked_duplicates.bam',
        metric = 'picard/{sampleID}_marked_dup_metrics.txt'
    threads: 12
    run:
        shell('picard MarkDuplicates \
            -Xmx4G \
            -XX:ParallelGCThreads={threads} \
            I={input} \
            O={output.bam} \
            M={output.metric} \
            CREATE_INDEX=true ASSUME_SORT_ORDER=coordinate OPTICAL_DUPLICATE_PIXEL_DISTANCE=100')

rule picard_bai:
    input: 'picard/{sampleID}_marked_duplicates.bai'
    output:
        bai = 'picard/{sampleID}_marked_duplicates.bam.bai'
    run:
        shell('mv {input} {output.bai}')

Answer 1

蛇只知道你说了什么。在这种情况下，您不会让snakemake知道picard_dupes也会创建bai文件。我喜欢调用这些隐式输出，因为您没有在shell命令中显式地创建它们。只需将输出指令更改为：

    output:
        bam = 'picard/{sampleID}_marked_duplicates.bam',
        metric = 'picard/{sampleID}_marked_dup_metrics.txt',
        index = 'picard/{sampleID}_marked_duplicates.bai',

作为一个次要的增强，您可以跳过picard_bai并在picard_dupes中执行重命名“

rule picard_dupes:
    input: rules.star_aligner.output.bam
    output:
        bam = 'picard/{sampleID}_marked_duplicates.bam',
        metric = 'picard/{sampleID}_marked_dup_metrics.txt',
        index = 'picard/{sampleID}_marked_duplicates.bai',
    threads: 12
    run:
        shell('picard MarkDuplicates \
            -Xmx4G \
            -XX:ParallelGCThreads={threads} \
            I={input} \
            O={output.bam} \
            M={output.metric} \
            CREATE_INDEX=true ASSUME_SORT_ORDER=coordinate OPTICAL_DUPLICATE_PIXEL_DISTANCE=100')
        bai_file = output.bam[:-1] + 'i'  # generate bai filename
        shell('mv {bai_file} {output.index}')