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我尝试在我的Windows命令提示符-bash中安装带有命令"curl get.nextflow.io _ bash“的Nextflow，但是我始终看到这样的错误:无法初始化nextflow环境。同时，在远程服务器上，Nextflow安装有相同的命令，我可以使用ls命令验证这一点。但是，当我准备一个示例脚本(hello.nf)时，通过"nextflow运行hello.nf“执行它会显示Nextflow没有特征。在任何情况下，输入"nextflow</
浏览 7提问于2022-01-04得票数 1
我是NextFlow新手，我想知道在我的新管道中调用NextFlow管道的最佳方法是什么？我知道我可以单独调用进程，但是我对调用整个管道很感兴趣，这样我就可以组合多个nf脚本。
浏览 8提问于2022-10-17得票数 1
我刚刚开始学习nextflow，我遇到了一个奇怪的错误，我寻求一些指导。#!' file for more detailsless .nextflow.logOct-02 13:51:35.370 [main] DEBUG nextflow.cli.Launcher- $> nextflow run example1.nf
Oct-02 13:51:35.413 [main] INFO nextflow.cli.CmdRun - N E X T
浏览 27提问于2022-10-02得票数 1
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我正在NextFlow上执行一个分散-聚集操作。reads} -o ${reads}.trimmed.fastq}
gather_fatsp_ch.collectFile().view().println{ it.text } 我使用Nextflow(https://www.nextflow.io/docs/latest/tracing.html)建议的所有基准测试选项运行此代码：nextflow run main.nf
浏览 23提问于2021-02-09得票数 2
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我试图使用nextflow来运行管道，但是当我运行它时，它总是说nextflow: command not found。我已经安装了nextflow (我遵循了本教程)
我需要在配置文件中添加到nextflow的路径吗？
浏览 2修改于2021-11-24得票数 1
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我正在尝试运行基于Nextflow的管道，但收到以下消息：“此工作流需要Nextflow版本0.26或更高版本--您正在运行版本20.01.0” 我尝试了两个命令在我的系统上安装Nextflow :wget -qO- https://get.nextflow.io | bash和curl -fsSL get.nextflow.io | bash 它们都安装了版本20.01.0。
浏览 38提问于2020-03-20得票数 1
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Nextflow将这些文件放到同一个工作目录中，从而导致名称冲突。我的问题是如何处理这个而不对文件进行重命名。sample,filesample1,/home/atpoint/foo/folder2/file.txt
nextflow.ena
浏览 24提问于2022-09-09得票数 0
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我正在尝试使用nextflow管道从deeptool中进行条纹打印(BamCoverage)。当我输入bam文件并运行脚本时。它说我没有索引文件。
浏览 43修改于2021-01-03得票数 1
我正在尝试获取GIAB数据索引文件(它们是CSV)，并在Nextflow中下载每个文件。我认为我的总体结构是正确的，但是当我运行nextflow run file.nf时，什么都不会发生。- $> /opt/miniconda3/bin/nextflow run main.nfNov-13 18:1
浏览 2提问于2018-11-13得票数 0
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一个VM用于运行nextflow，另一个VM上有一个Jenkins构建服务器。Jenkins负责构建新的Docker映像，并将新的Docker映像推送到我们的google容器注册中心。我的nextflow.config文件如下所示： withLabel: awesome_image { }在使用Jenkins服务器构建了一个新映像之后，我运行了
浏览 2提问于2020-12-14得票数 1
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我从这个站点的教程开始： (我是安装了nextflow的人)。#!/usr/bin/env nextflow
在日志文件中，我有以下内容：
avr.-20 14:14:12.319 [main] DEBUG nextflow.cli.Launcher - $> nextflowavr.-20 14:14:12.629 [main] D
浏览 6提问于2022-04-20得票数 4
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而不是拥有一个运行所有管道的大型Nextflow脚本。以便更容易地读取文件和编辑沿途的管道。我们可以编写一个执行多个Nextflow脚本的Nextflow脚本吗？
浏览 3提问于2022-08-25得票数 1
我正在尝试构建一个安装了nextflow的奇异容器。完成构建后，我将其安装在dir中，并将其作为ROOT安装。当我试图运行容器时，它会失败，因为我不是root用户。y install wget cd /s2fast exec /s2fast/nextflow
运行它会使
浏览 1提问于2019-10-03得票数 1
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- $> nextflow run main.nfNov-12 17:55:40.029/affymetrix/n
浏览 46修改于2020-11-14得票数 2
这两台计算机都安装了nextflow (v22.04.5)和docker。但是，一台计算机显示错误消息。请看所附的截图。我检查了日志文件，它只有一个“命令未找到”。nextflow脚本params.outdir = '.
浏览 39修改于2022-10-03得票数 1
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我目前正在尝试在我的计算机上安装nextflow，但是我遇到了一个无法解决的Java错误消息。curl -s https://get.nextflow.io | bash
NOTE: Nextflow is trying to use the Java VM defined by the followingCa
浏览 177提问于2021-08-26得票数 0
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当我运行nextflow时，我得到一个.nextflow文件夹，但是我找不到改变它的位置的方法(即它不是-work-dir)。如何更改.nextflow文件夹的位置？我正在使用Nextflow 20.10.0 build 5430。
浏览 4提问于2021-11-23得票数 3
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我已经在一个基于slurm的集群中测试了Nextflow的管道。我有一个错误我无法修复..。sbatch: error: Batch job submission failed: No partition specified or system default partition
...and这是我的nextflow.config
浏览 9提问于2022-02-21得票数 1
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我正在使用以下命令运行我的Nextflow工作流： ./nextflow kuberun user/repo -c nextflow.config -profile kubernetes -v my_pvc:/mounted_path -with-report_report.html -with-trace _trace 我想在一组特定的节点上运行我的nextflow工作流。kubectl label nodes node2 disktype=my_experiment
kubectl lab
浏览 84提问于2021-08-11得票数 1
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我使用NextFlow和DSL2语法。我想将最后的结果路径定义为命令行参数。然而，据我所知，NextFlow进程不识别directive作用域中的input变量(参见下面的最小示例)。下面是一个很小的例子：/* */
nextflow.enable.dsl/SUB_WORKFLOW_WF_PROCS.nf' at line: 11 or see &#x
浏览 23提问于2022-01-12得票数 1
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