分区的问题[slurm + Nextflow]

Question

我已经在一个基于slurm的集群中测试了Nextflow的https://nf-co.re/sarek/2.7.1管道。我有一个错误我无法修复..。

Error executing process > 'get_software_versions'
Caused by:
  Failed to submit process to grid scheduler for execution
Command executed:
  sbatch .command.run
Command exit status:
  1
Command output:
  sbatch: error: Batch job submission failed: No partition specified or system default partition

...and这是我的nextflow.config文件：

executor {
    name = 'slurm'
    cpus = 10
    memory = '10 GB'
    queue = 'short'
}

我猜是与分区分配有关的东西。为了以防万一，我也尝试过用clusterOptions = '-p short'来改变clusterOptions = '-p short'，但它一直失败。

你知道我在想什么吗？

Answer 1

尝试将process.executor值设置为nextflow.config中的slurm

process {

  executor = 'slurm'
  queue = 'short'
}

执行者范围只允许您设置一些可选的执行器设置。注意，如果在这里应用了cpus和memory设置，则它们将仅与local执行器一起使用。