选择节点以使用Kubernete执行Nextflow工作流

Question

我可以访问一个有很多节点的集群。我正在使用以下命令运行我的Nextflow工作流：

./nextflow kuberun user/repo -c nextflow.config -profile kubernetes -v my_pvc:/mounted_path -with-report _report.html -with-trace _trace

我想在一组特定的节点上运行我的nextflow工作流。我已经标记了我感兴趣的节点：

kubectl label nodes node1 disktype=my_experiment
kubectl label nodes node2 disktype=my_experiment
kubectl label nodes node3 disktype=my_experiment

从Nextflow和Kubernete文档中，我无法理解如何在我感兴趣的节点之间拆分进程的情况下安排我的工作流程。

我只知道如何使用kubernete：https://kubernetes.io/docs/concepts/overview/working-with-objects/labels/

而不是如何使用nextflow kuberun命令。

非常感谢您的帮助，谢谢！

Answer 1

使用一个或多个process selectors和pod directive选择使用pod标签的节点。例如，可以将以下内容添加到您的“kubernetes”配置文件中：

process {

    withName: my_process {
        pod {
            nodeSelector = 'disktype=my_experiment'
         }
     }
    ...
}