Nextflow配置文件问题

Question

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嗨，请在下面找到一个nf脚本和一个配置文件。我已经在两台电脑上运行过了。这两台计算机都安装了nextflow (v22.04.5)和docker。但是，一台计算机显示错误消息。请看所附的截图。我检查了日志文件，它只有一个“命令未找到”。我想知道你能不能指出这台电脑缺了什么。谢谢。

nextflow脚本

#!/usr/bin/env nextflow

//data_location
params.outdir = './results'
params.in = "$PWD/*.fastq"
datasetA = Channel
                .fromPath(params.in)
                .map { file -> tuple(file.baseName, file) }
        

// fastqc

process fastqc {
    tag "${datasetIDA}"
    publishDir "${params.outdir}", mode:'copy'

    input:
    set datasetIDA, file(x) from datasetA

    output:
    file ("${x.baseName}_fastqc.html") into fastqc_ch
            
    script:
    """
    fastqc -Xmx20g $x > ${x.baseName}_fastqc.html
    """
}

配置文件

process {
    withName:fastqc                            { container = 'staphb/fastqc:latest' }
}

Answer 1

问题是默认情况下没有启用码头执行。禁用Nextflow时，Nextflow只是尝试在容器之外执行进程。要启用Docker执行，请将以下行添加到Nextflow配置中：

docker.enabled = true

Nextflow在多个地方查找配置文件。检查两台机器是否使用同一组配置文件。例如，一台计算机可能已经在其$HOME/.nextflow/config中设置了上述内容，但该文件可能不存在于另一台计算机上。

测试：

$ touch {A,B,C}.fastq
$ cat nextflow.config 
docker.enabled = true

process {
  withName: 'fastqc' {
    container = 'staphb/fastqc:latest'
  }
}

结果：

$ nextflow run main.nf -dsl1
N E X T F L O W  ~  version 22.04.4
Launching `main.nf` [jolly_brown] DSL1 - revision: 2c6f171a28
executor >  local (3)
[97/7b5758] process > fastqc (B) [100%] 3 of 3 ✔
Completed at: 03-Oct-2022 21:08:43
Duration    : 2m 50s
CPU hours   : 0.1
Succeeded   : 3

Answer 2

以下是故障排除的总结：

Nextflow错误:找不到命令.

是什么导致了这个错误？

错误指示nf脚本无法读取nextflow.config文件，尽管配置文件位于当前目录(预期路径之一)。

解决方案是什么？

• 从一个干净的板子开始
• 指定在配置文件中启用的停靠器，如下所示：

process {
    withName:fastqc { 
    container = 'staphb/fastqc:latest' 
}
}
docker {
    enabled = true
    temp = 'auto'
}

Nextflow_config_issue_resolved

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