我们可以编写一个执行多个Nextflow脚本的Nextflow脚本吗？

Question

而不是拥有一个运行所有管道的大型Nextflow脚本。以便更容易地读取文件和编辑沿途的管道。我们可以编写一个执行多个Nextflow脚本的Nextflow脚本吗？

Answer 1

新的DSL2允许您定义模块，它可以包含工作流组件(即函数、流程和蠕虫)，这些组件可以使用include关键字导入到另一个Nextflow脚本中。文档中的模块包含示例有一个错误，但应该如下所示：

include { foo } from './some/module.nf'

workflow {
    data = channel.fromPath('/some/data/*.txt')
    foo(data)
}

上面的片段包括在主执行上下文中的模块脚本中定义了一个名为foo的进程。这样，foo就可以在workflow作用域中调用。 Nextflow隐式查找脚本文件./some/module.nf，根据包含的脚本位置解析路径。