在Nextflow中组合Nextflow管道的最佳方法

Question

我是NextFlow新手，我想知道在我的新管道中调用NextFlow管道的最佳方法是什么？我知道我可以单独调用进程，但是我对调用整个管道很感兴趣，这样我就可以组合多个nf脚本。

Answer 1

这就是我们所说的子工作流。在DSL2 ( Nextflow的默认DSL )中，您可以在.nf工作流文件中包含许多工作流条目。这样，您不仅可以从主工作流(未命名)调用这些子工作流(命名工作流条目)，还可以从-entry workflow-name调用这些子工作流(命名工作流条目)。

您还可以将工作流从其他.nf文件导入到当前的文件中，这与处理模块的方式相同。这样，您的默认未命名工作流还可以运行其他.nf文件的工作流块。

假设您有一个执行A的管道(其中有许多进程)，另一个管道B(其中有许多进程)，并且您有一个管道C，您想在其中调用这两个管道。从A和B导入流程/工作流，并在C中从未命名的工作流块调用它们。