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我正在尝试从获取特定的疾病相关信息。这可以通过电子表格下载直接从网站完成。但我想知道我是否可以在R中以编程的方式来做这件事。任何建议都将非常感谢。Avoks
浏览 2修改于2016-11-12得票数 1
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我用R来分析全基因组的关联研究数据。我有大约500,000个潜在的预测变量(单核苷酸多态性，或SNPs)，并希望测试它们之间的联系和持续的结果(在这种情况下，低密度脂蛋白在血液中的浓度)。我目前正在使用for循环运行线性模型50万次，如下所示：for(i in 1:500000) {
# Select the appr
浏览 3提问于2011-12-13得票数 7
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我想安装用于GWAS阶段化和估算的shapeit。接下来，我在Mac中打开终端，将目录cd到shapeit文件夹，然后输入命令行作为网站指南： -M genetic_map.txt \-O gwas.phasedshapeit command not found.
浏览 20修改于2018-07-20得票数 1
我目前正在提取表型/协变量数据，我需要运行一个GWAS。我还试图将“bank_centre位置”转换为一个虚拟变量。在试图创建运行GWAS的数据文件时，我一直在代码中得到一个与虚拟变量相关的额外"]“错误，但是我不知道代码中怎么会有额外的"]”。
浏览 7修改于2022-04-16得票数 0
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我有超过20K个样本的gwas微阵列实验数据结果。每个样本具有大约1.000.000个标记的数值输出值。所以我有一个20000 x 1000000的理论表。
浏览 0提问于2018-02-05得票数 0
我正在使用和关联链来提升我的GWAS汇总统计文件(一个选项卡分隔的文件)从build 38到build 37的结果。GWAS摘要stat文件如下所示：1 chr_20184_G_A 20184 A G 0.113-0.185 0.023 0.419
我希望从GWAS汇总stat中创建一个bed格式的文件，这是该工具所需的输入输入床文件的前三列
浏览 6修改于2021-06-29得票数 1
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我正在寻找一个函数来运行迈阿密图(GWAS)，它看起来像这样： ? 我会有2个不同的GWASes的数据。
浏览 70修改于2021-06-29得票数 3
我试图将一个0,1表解析为一个MedLine文件，以执行一些统计的下游分析: PCA、GWAS等等。我使用一个名为的模块对其进行格式化，并添加了一些额外的shell命令。现在我不知道怎么继续下去了。
浏览 3修改于2014-07-24得票数 2
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我正在尝试用plink版本2在命令行中运行GWAS，但是当我运行以下命令plink2 --file hapmap1时，我得到了以下错误Error: Unrecognized flag ('--file
浏览 73修改于2021-11-15得票数 0
我有一个包含以下列(文件1)的GWAS摘要估计文件：1 chr1_20184_GAATA_G 0.033 0.180
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浏览 7修改于2021-06-17得票数 2
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我使用ggplot2将GWAS汇总统计数据绘制为曼哈顿图。事情就像预期的一样，但是颜色没有正确地重复。无论我是重复2种颜色还是4种颜色，在早期都会有一次重复，导致两条染色体相邻成相同的颜色。
浏览 24提问于2020-12-29得票数 0
有没有人能帮我算出每行单元格中一个字符的实例数？我有一个包含1000万个snps的文件，我想对其进行排序。?????+-+-?-+-+??-+我完全是一个初学者，在这方面投入了很深的末端，所以任何帮助都将不胜感激。
浏览 0修改于2018-07-20得票数 0
我正在尝试从GWAS分析的输出中获得按地区划分的领先SNP。我需要做的是找到附近所有SNP中p值最低的行。下面是我的数据。(还有其他列，但对此选择无关紧要)。
浏览 102提问于2019-11-28得票数 0
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我试图在这里使用这行代码，这是我从其他人那里借用的： dont.flip <- gwas.data$A1 == correct.orientation$A1 & gwas.data$A2 == correct.orientation$A2for ( i in 1 : nrow ( gwas
浏览 3修改于2016-02-07得票数 0
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数据格式如下S1_147748 NA NA NA NAsum gwas_100 = 0.67385 + 0.61051 + 0.69137.....+0.58491)
sum
浏览 11修改于2017-03-10得票数 2
每个数据集如下所示： ID p 2 0.0123474 ID p 2 0.5854587因此，我想创建一个新列，并在每个数据集中的新列中检查频率。我以前是这样做的 data$p_threshold <- ifelse(data$p<0.001, 1, 0)
table (data$p_threshold)data=
浏览 0修改于2018-11-21得票数 0
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下面是我目前正在尝试使用的代码：MatchAlleles <- function( gwas.data , assoc.loci.freqs ) {
dont.flip &l
浏览 6提问于2016-07-22得票数 0
假设我想从具有以下文件夹的find /40/AD/GWAS_data/Source_Plink/2021_ADGC_EOAD -name "plink_data*"复制一些文件夹：/40/AD&#x
浏览 3修改于2022-03-08得票数 1
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每一行对应于一个唯一的FILE，全部标记为gwas*。CHR BP FILEchr2 87654321 gwas2CHR BP 我希望能够对我的文本文件中列出的所有
浏览 3修改于2022-07-08得票数 0
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