在为plink GWAS创建虚拟变量时出错？

Question

我目前正在提取表型/协变量数据，我需要运行一个GWAS。我还试图将“bank_centre位置”转换为一个虚拟变量。在试图创建运行GWAS的数据文件时，我一直在代码中得到一个与虚拟变量相关的额外"]“错误，但是我不知道代码中怎么会有额外的"]”。

这是我投入的第一部分：

source scriptSettings.sh
Rscript - <<'END'
library(data.table)
d<-fread("phenos.txt")
message("create array dummy")
d[,array01:=as.numeric(as.numeric(f.22000.0.0)>1)]
message ("create bank_centre dummy")
d[,'bank1']<-0
d[,'bank2']<-0
d[,'bank3']<-0
d[which(d[,'f.54.2.0']==11025,'bank1']<-1
d[which(d[,'f.54.2.0']==11026,'bank2']<-1
d[which(d[,'f.54.2.0']==11027,'bank3']<-1

到目前为止，我得到的输出是：

create array dummy
create biobank_centre dummy
Error: unexpected ']' in "d[which(d[,'f.54.2.0']==11025,'bank1']"
Execution halted

如果我错过了一些非常明显的东西--任何帮助都是非常感谢的。

Answer 1

我想)给which少了一个。

也就是说，您可能想尝试这样的方法：d[which(d[,'f.54.2.0']==11025),'bank1']<-1