将GWAS摘要统计文件从build 38提升到build 37

Question

我正在使用和关联链来提升我的GWAS汇总统计文件(一个选项卡分隔的文件)从build 38到build 37的结果。GWAS摘要stat文件如下所示：

1 chr1_17626_G_A 17626 A G 0.016 -0.0332 0.0237 0.161
1 chr_20184_G_A  20184 A G 0.113 -0.185  0.023 0.419

Follwing是我使用的具有关联链的UCSC工具：

• 电梯：64/举重
• 链文件：ftp://hgdownload.cse.ucsc.edu/goldenPath/hg38/liftOver/hg38ToHg19.over.chain.gz

我希望从GWAS汇总stat中创建一个bed格式的文件，这是该工具所需的输入，在这里，我希望将前三列分隔开，其余的列合并到一个列中，并由一个非制表符分隔符(如“”)分隔。以便在把电梯碾过的时候保存下来。输入床文件的前三列是：

awk '{print chr$1, $3-1, $3}' GWAS summary stat file > ucsc.input.file

#$1 = chrx - where x is chromosome number 
#$2  position -1  for SNPs
#$3  bp position hg38 for SNPs

上述三列是该工具所需的列。

我的问题是：

1. 如何使用":“非制表符分隔符将GWAS摘要stat文件的其余列合并到一列中？
2. 在运行提升程序之后，如何解压由以下部分分隔的列？

Answer 1

我不知道这是否回答了你的问题，但请看一看。

您可以使用awk通过:合并多个列。

awk '{print $1 ":" $2 ":" $3}' file

然后假设您想用:替换$1中的选项卡，那么您可以这样做。

awk -F ":" '{gsub(/:/,"\t",$1)}1' file

这有什么帮助吗？