通过匹配来自另一个文件的snp列来设置GWAS结果

Question

我有一个包含以下列(文件1)的GWAS摘要估计文件：

1   chr1_1726_G_A      0.023  0.160
1   chr1_20184_GAATA_G 0.033  0.180
1   chr1_791101_T_TGG  0.099  0.170

文件2

chr1_20184_GAATA_G
chr1_791101_T_TGG

我希望将文件2的column1与file1的第2列相匹配，以创建文件3，如：

1   chr1_20184_GAATA_G 0.033  0.180
1   chr1_791101_T_TGG  0.099  0.170

通过使用下面的代码，我得到了一个空的file3

awk 'FNR==NR{arr[$2];next} (($2) in arr)' file2 file1 > file3

Answer 1

在显示的示例中，请尝试遵循awk代码。

awk 'FNR==NR{arr[$0];next} ($2 in arr)' file2 file1

或

awk 'FNR==NR{arr[$1];next} ($2 in arr)' file2 file1

解释：对数组使用$0(在第一个解决方案中)或$1(在OR解决方案中)，而不是在第一个块中使用$2，然后您的代码的其余部分就可以匹配；在这里匹配记录。