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我试着从维基百科上运行一个非常简单的样本BioJava copy&pase。package test; import org.biojava.nbio.ronn.Jronnjava.util.Scanner.next(Scanner.java:1485) at org.biojava.nb
浏览 6修改于2015-11-01得票数 0
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我已经下载了biojava jar文件并保存在我的类路径中。我正在尝试来自的示例进行测试error: package org.biojava3.core.sequence does not exist
import org.biojava3
浏览 27修改于2013-11-02得票数 0
在biojava中有没有什么方法可以从给定的序列中预测二级结构？
或者，如果没有任何人这样做，我如何实现它？有源代码吗？有什么值得推荐的exe吗？
浏览 14提问于2014-07-23得票数 0
让BioJava在使用Maven构建的Netbeans应用程序中工作有问题。我已经创建了一个Maven模块作为包装器，包括org.biojava.*和org.forester.然后，从另一个模块中，我将包装器设置为依赖项，并使用BioJava食谱中的一些基本示例进行测试。 <publicPackages>
浏览 7修改于2015-11-02得票数 1
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我知道，对于使用BioJava下载PDB结构，我应该使用我应该做些什么来代替mmCIF文件呢？
浏览 7提问于2016-06-22得票数 1
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谁知道如何使用BIopython或BioJAVA从FTP ncbi中自动搜索和解析gbk文件。我在BIojava中搜索了实用程序，但没有找到任何实用程序。谁能告诉我如何在BioJava或BioPython中执行搜索。否则，我将不得不从头开始自动执行此过程。
谢谢。
浏览 22修改于2014-08-26得票数 1
/resources" />
<property name="classpath" value="${lib.dir}/biojava.jar:${lib.dir}/bytecode.jar:已经安装了BioJava。[javac] /home/lushen/batman/src/batman/Calibrate.java:20: error: package org.biojava</em
浏览 0修改于2019-01-29得票数 0
org/biojava/bio/program/sax/SummaryLineHelperIForg/biojava/bio/
浏览 0修改于2017-03-07得票数 4
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/biojava-core/4.2.0/a0713c21c575f39adc88985acc9cf37715324dab/biojava-core-4.2.0.jar :File1
/Users/matti/.gradle/caches/modules-2/files-2.1/org.biojava/biojava-phylo/4.2.0/a97ccd582c87683d0e91e9f
浏览 3修改于2016-10-07得票数 1
package first
import org.biojava.bio.structure.Structureimport org.biojava.bio.structure.StructureTools
import org.biojava.bio.structure.align.StructureAlignmentimport org.biojava.bio.structure.align.Stru
浏览 4修改于2014-01-20得票数 0
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我在BioJava中搜索一个方法，以便从PDB文件中获得原子序列。我看过BioJava API，但是对于getAtomSequence()，它捕获了氨基酸。我在BioJava中尝试了其他几种方法，但都没有像我想要的那样工作。谢谢
浏览 27修改于2011-01-28得票数 3
我需要计算我从UNIPROT获得的蛋白质序列中极性/非极性、脂肪族/芳香族/杂环氨基酸的数量和百分比，使用BioJava.。import org.biojava.nbio.
浏览 9修改于2022-05-07得票数 2
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import org.biojavax.bio.seq.RichSequence;import org.biojava.bio.seq.*;import org.biojava.bio.symbol.*;
浏览 4修改于2011-06-20得票数 0
我对编程很陌生，我想使用Biojava3中的一个类。特别是来自GeneIDXMLReader类的GeneIDXMLReader方法。当我在下面包含导入语句时，它不会编译。导入org.biojava3.genome.parsers.geneid.GeneIDXMLReader，谢谢您的帮助。我知道这是最基本的东西，但我是新手。
浏览 4提问于2013-07-26得票数 0
为了使JAR进入OSGi上下文，我使用了Maven插件，它生成一个文件Manifest.MF，与我面临的例外相关的部分是：Bundle-Version然而，当我访问一个使用slf4j的类时，我会得到标题异常： at org.biojava.nbio.core.sequence.template.AbstractCompoundSet<cl
浏览 0修改于2020-02-05得票数 1
java.io.File;import java.util.Map;
import org.biojava3.core.sequence.io.FastaReaderHelper;
public class
浏览 5修改于2014-06-24得票数 0
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我想问一下，是否可以使用biojava添加序列来退出剖面对齐？我的意思是，我想保持我现有的个人资料稳定。如果我添加新序列来对齐，如果在轮廓中出现间隙，它将贯穿整个列-这就是我想要得到的。
浏览 8提问于2014-07-09得票数 0
imports { } compile group: 'org.biojava', name: 'biojava-core', version: '4.2.4'
compile group: 'org.biojava', name: 'biojava-structure
浏览 1修改于2016-11-14得票数 0
150) at org.forester.evoinference.distance.NeighborJoining.execute(NeighborJoining.java:123) at org.biojava3(GuideTree.java:88) at org.biojava3.alignment.Alignments.getMultipleSequenceAlignment(Alignments.java
浏览 6修改于2014-06-26得票数 0
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0,12关系杂环/芳香: 0,875进口java.io.InputStream；import java.net.URL; import java.util.Set;
import org.biojava.nbio.core.sequence.ProteinSequence; import org.biojava.nbio.core.sequence.compound.AminoAcidCompound; import org.biojava.nbio.core.sequence.io.FastaReaderHelpe
浏览 6提问于2022-05-10得票数 0
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