无法让biojava在Maven Netbeans应用程序中工作

Question

让BioJava在使用Maven构建的Netbeans应用程序中工作有问题。我已经创建了一个Maven模块作为包装器，包括org.biojava.*和org.forester.*包在POM中作为公共包。然后，从另一个模块中，我将包装器设置为依赖项，并使用BioJava食谱中的一些基本示例进行测试。

每当我试图从BioJava实例化类的某个对象时，应用程序就会冻结，我必须使用来杀死它。

下面是包装器的pom文件：

    <?xml version="1.0" encoding="UTF-8"?>
<project xmlns="http://maven.apache.org/POM/4.0.0" xmlns:xsi="http://www.w3.org/2001/XMLSchema-instance" xsi:schemaLocation="http://maven.apache.org/POM/4.0.0 http://maven.apache.org/xsd/maven-4.0.0.xsd">
    <modelVersion>4.0.0</modelVersion>
    <parent>
        <groupId>nl.hecklab.bioinformatics</groupId>
        <artifactId>Spider-parent</artifactId>
        <version>1.0.0</version>
    </parent>
    <artifactId>BiojavaWrapper</artifactId>
    <version>4.1.0</version>
    <packaging>nbm</packaging>
    <build>
        <plugins>
            <plugin>
                <groupId>org.codehaus.mojo</groupId>
                <artifactId>nbm-maven-plugin</artifactId>
                <extensions>true</extensions>
                <configuration>
                    <useOSGiDependencies>true</useOSGiDependencies>
                    <publicPackages>
                        <publicPackage>org.biojava.*</publicPackage>
                        <publicPackage>org.forester.*</publicPackage>
                    </publicPackages>
                </configuration>
            </plugin>
            <plugin>
                <groupId>org.apache.maven.plugins</groupId>
                <artifactId>maven-jar-plugin</artifactId>
                <configuration>
                    <useDefaultManifestFile>true</useDefaultManifestFile>
                </configuration>
            </plugin>
        </plugins>
    </build>
    <dependencies>
        <dependency>
            <groupId>org.biojava</groupId>
            <artifactId>biojava-alignment</artifactId>
            <version>4.1.0</version>
        </dependency>
        <dependency>
            <groupId>org.slf4j</groupId>
            <artifactId>slf4j-api</artifactId>
            <version>1.7.12</version>
        </dependency>
    </dependencies>
    <properties>
        <project.build.sourceEncoding>UTF-8</project.build.sourceEncoding>
    </properties>
</project>

下面是一些我试着去工作的代码。这只是一个非常粗糙的例子，从TopComponent中的一个按钮调用。输入和输出只是文本字段。

private void jButton1ActionPerformed(java.awt.event.ActionEvent evt) {                                         

    Reader r = new Reader(new File("D:\\current\\fastafile.fasta"));
    for (ProteinSequence a : r.getSequences()) {
        input.append(a.toString());
    }
    Profile<ProteinSequence, AminoAcidCompound> profile = Alignments.getMultipleSequenceAlignment(r.sequences);
    output.setText(String.format("Clustalw:%n%s%n", profile));

    ConcurrencyTools.shutdown();


}     

以下是读者课：

public class Reader {

    List<ProteinSequence> sequences = new ArrayList<>();

    public Reader(File fastaFile) {

        try {

            FileInputStream inStream = new FileInputStream(fastaFile);
            FastaReader<ProteinSequence, AminoAcidCompound> fastaReader
                    = new FastaReader<>(
                            inStream,
                            new GenericFastaHeaderParser<ProteinSequence, AminoAcidCompound>(),
                            new ProteinSequenceCreator(AminoAcidCompoundSet.getAminoAcidCompoundSet()));
            LinkedHashMap<String, ProteinSequence> b = fastaReader.process();

            sequences.addAll(b.values());
        } catch (IOException ex) {
            Logger.getLogger(Reader.class.getName()).log(Level.SEVERE, null, ex);
        }

    }

    public List<ProteinSequence> getSequences() {
        return sequences;
    }

}

在(Netbeans) IDE中，类被找到并在自动完成中使用，并且项目成功构建，在每种情况下都表明主要是正确设置了依赖项。

Answer 1

我做了很多搜索，发现真正的罪魁祸首是slf4j，这在整个BioJava中都有使用。我不知道为什么会冻结平台应用程序，但是我可以通过在其中创建一个slf4j记录器来使我的模块不安装。我在网上看到了一个包装模块的解决方案，结果证明它足以为org.slf4j:slf4j-api:x.y.z和org.slf4j:slf4j-jdk14:x.y.z一起创建一个包装器。将org.slf4j.*添加到公共包中。这是POM：

<project xmlns="http://maven.apache.org/POM/4.0.0" xmlns:xsi="http://www.w3.org/2001/XMLSchema-instance" xsi:schemaLocation="http://maven.apache.org/POM/4.0.0 http://maven.apache.org/xsd/maven-4.0.0.xsd">
<modelVersion>4.0.0</modelVersion>
<parent>
    <groupId>group</groupId>
    <artifactId>parent-project</artifactId>
    <version>1.0.0</version>
</parent>
<artifactId>slf4jwrapper</artifactId>
<packaging>nbm</packaging>
<build>
    <plugins>
        <plugin>
            <groupId>org.codehaus.mojo</groupId>
            <artifactId>nbm-maven-plugin</artifactId>
            <extensions>true</extensions>
            <configuration>
                <publicPackages>
                    <publicPackage>org.slf4j.*</publicPackage>
                </publicPackages>
            </configuration>
        </plugin>
        <plugin>
            <groupId>org.apache.maven.plugins</groupId>
            <artifactId>maven-jar-plugin</artifactId>
            <configuration>
                <useDefaultManifestFile>true</useDefaultManifestFile>
            </configuration>
        </plugin>
    </plugins>
</build>
<dependencies>
    <dependency>
        <groupId>org.netbeans.api</groupId>
        <artifactId>org-netbeans-api-annotations-common</artifactId>
        <version>${netbeans.version}</version>
    </dependency>
    <dependency>
        <groupId>org.slf4j</groupId>
        <artifactId>slf4j-api</artifactId>
        <version>1.7.7</version>
    </dependency>
    <dependency>
        <groupId>org.slf4j</groupId>
        <artifactId>slf4j-jdk14</artifactId>
        <version>1.7.7</version>
    </dependency>
</dependencies>
<properties>
    <project.build.sourceEncoding>UTF-8</project.build.sourceEncoding>
</properties>

​

然后，包装器应该在BioJava相关模块中使用，但它也应该适用于依赖于slf4j的其他模块。

Answer 2

首先，检查包装模块的清单，看看是否正确地生成了所有条目，特别是定义了useOSGiDependencies==true之后。可能是生物jars包含osgi头，而不是将jars包装在模块中，而是声明对osgi插件的依赖。

然而，应用程序的锁定是很奇怪的，如果运行时依赖项有问题，我会希望早期出现一个“不满意的依赖项”错误。您可能需要创建一个线程转储并检查正在发生的事情。也许你陷入僵局了。或者，由于您的操作(jButton1ActionPerformed)是从AWT调用的，可能整个读取过程只需花费时间，您的UI线程就会被锁定。