biojava包导入错误

Question

我已经下载了biojava jar文件并保存在我的类路径中。我正在尝试来自http://www.biojava.org/wiki/BioJava:CookBook:Core:FastaReadWrite的示例进行测试

但是，它给了我一个错误：

error: package org.biojava3.core.sequence does not exist   
import org.biojava3.core.sequence.ProteinSequence;

我有24个错误的例子文件显示在网站上。我将jar文件保存在类路径中。那么为什么这会给我带来错误呢？我有没有漏掉什么步骤？

Answer 1

请检查您的类路径设置和biojava版本。

我采用了网页上的例子，结合了biojava的3.0.7版本。以下是我所做的

• 下载biojava.jar

wget http://biojava.org/download/maven/org/biojava/biojava3-core/3.0.7/biojava3-core-3.0.7.jar

• 创建一个Java文件FastaOpen.java，其中包含从您的链接

• 编译中获取的代码

javac核心。：FastaOpen.java

• Execute java3- -cp -3.0.7.jar javac

Java3- -cp -3.0.7.jar在FastaOpen.main(FastaOpen.java:20)的线程"main“FastaOpen :0中出现java.lang.ArrayIndexOutOfBoundsException异常

例外是OK，因为我没有指定文件名。所以，对我来说，这个例子是有效的。如果我没有在编译时指定类路径，我会得到和你一样的错误，例如：

FastaOpen.java:5: error: package org.biojava3.core.sequence does not exist
import org.biojava3.core.sequence.ProteinSequence;

上面的描述适用于Linux。在MS Windows上，您应该尝试类似于以下命令的操作(在Powershell中发出)

• 编译

PS >& 'C:\Program Files\Java\jdk1.7.0_45\bin\javac.exe‘-cp "C:\Users\stefan\Downloads\biojava3-core-3.0.7.jar“.\FastaOpen.java

• Execution

PS >& 'C:\Program Files\Java\jdk1.7.0_45\bin\java.exe‘-cp "C:\Users\stefan\Downloads\biojava3-core-3.0.7.jar;C:\Users\stefan\Downloads“FastaOpen

( java源/类和jar这两个文件都位于Downloads目录中。