生物信息学-需要获得原子序列

Question

我在BioJava中搜索一个方法，以便从PDB文件中获得原子序列。我看过BioJava API，但是对于getAtomSequence()，它捕获了氨基酸。我在BioJava中尝试了其他几种方法，但都没有像我想要的那样工作。

有人能帮我吗？

谢谢

Answer 1

我解决了..。对感兴趣的人的解决方案：

try{

        PDBFileReader read=new PDBFileReader();
        Structure pdb=read.getStructure(filename);
        System.out.println("PDB code :"+pdb.getPDBCode());

        List chains=Collections.synchronizedList(new ArrayList());
        chains=pdb.getChains();

        for(Iterator iter=chains.iterator();iter.hasNext();){
        Chain c=(Chain)(iter.next());
        System.out.println("Chain :"+c.getName()+"\n"+"Seq aa :"+c.getAtomSequence());
        for(int j=0;j<c.getAtomLength();j++){
            for (int k=0; k < c.getAtomGroup(j).size(); k++ ){
            Atom a=c.getAtomGroup(j).getAtom(k);
            System.out.println("Name : "+a.getName()+" X : "+a.getX()+" Y : "+a.getY()+" Z : "+a.getZ());
            }
        }