Biojava二级结构预测

Question

在biojava中有没有什么方法可以从给定的序列中预测二级结构？

或者，如果没有任何人这样做，我如何实现它？有源代码吗？有什么值得推荐的exe吗？

Answer 1

我认为它在BioJava中是不可用的，但你可以做的是使用BioJava库(http://biojava.org/wiki/BioJava:CookBook3:NCBIQBlastService)或RCSB网页进行BLAST搜索，从你的BLAST搜索中你可以找到具有3D结构的蛋白质。之后，您可以在org.biojava.bio.structure.domain包中使用LocalProteinDomainParser类的suggestDomains(Structure s)方法。域可能会给你一些关于二级结构的想法。

Answer 2

我不认为在biojava中有从序列中预测二级结构的功能。然而，在给定结构的情况下，存在二级结构分配，基于DSSP算法，请参阅https://github.com/biojava/biojava-tutorial/blob/master/structure/secstruc.md