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蛋白质，末端修饰，名词和Kws。Kw_id是终端修改表中的外键。terminusmodifications_id是Nterms表中的foreign_key。protein_id是Nterms表上的外键，它对应于蛋白质表。+-------------+--------------+----
浏览 1修改于2015-08-25得票数 0
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我被要求从事蛋白质结构可视化的工作，就像RasMol一样，用户可以打开pdb文件来获取蛋白质结构。
如何从pdb文件生成蛋白质结构？我想用Python语言编写代码，并可视化我应该使用OpenGL还是VTK的结构？在这方面，有没有其他的模块可以帮助我？
浏览 5修改于2012-02-25得票数 5
我必须为一个巨大的蛋白质组文件计算很多东西，因为我在数据集中有大约30000个蛋白质组。我有一个脚本，其中有许多需要单个蛋白质文件的子脚本my output = `somescript -do_something -with_this_single_protein_file`谢谢，加博
浏览 2提问于2015-03-04得票数 0
我有一个蛋白质组数据集，所有的蛋白质都在集合A中，其中一些属于集合B、C和D。使用r包，我能够构造一个维恩图来可视化这些集合的交集。然而，在我看来，用于生成集B、C和D的“滤波器”可能优先过滤出低强度的蛋白质。为了可视化这一点，我想构建一个，其中每个点代表一个蛋白质的颜色，它的强度。这样的阴谋在R中有可能吗？我在Python中找到了一个详细介绍类似技术的，但恐怕我不熟悉这种语言
浏览 15提问于2022-10-15得票数 4
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我有一个大型数据集(>300,000次观测)，它代表蛋白质之间的距离(RMSD)。我正在建立一个回归模型(随机森林)，用来预测两种蛋白质之间的距离。我并不在乎模型能预测多远的距离，所以我想确保模型能够准确地预测接近模型的距离。然而，当我对模型进行完整数据的训练时，模型的性能并不好，所以我想知道我能做什么最好的抽样方法，这样我就可以保证模型能够尽可能准确地预测近匹配距离，同时对数据进行分层，因为不幸的是，这个有偏见的数据分布代表了
浏览 1修改于2014-03-28得票数 2
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我在fasta中有5000条蛋白质序列，其中有假想的蛋白质和功能蛋白，我怎样才能把假想的蛋白质和推测的蛋白质区分开来。假设的蛋白质在标题中有假设这个词，所以我希望我能用一些命令来区分它们。像这样的事情
( PSP
浏览 0修改于2017-07-22得票数 1
表1由蛋白质对的名称组成。XX，YY，ZZ和AA表示蛋白质的名称。表2包括每种蛋白质的一些数据(值)。我要计算的是表1中存在的每个蛋白质对的Pearson相关系数(PCC)，使用表2的数据列表，这是一种类似数据库的方法。Data2 11 12 13 14 15 16 ...XX_YY R1ZZ_AA R3
结果表中的R1是蛋白质XX和YY的PCC值，也就是珠光体(10，
浏览 0修改于2016-05-19得票数 0
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因此，我正在编写一段代码，用于定位蛋白质数据库中的特定信息。我知道递归文件夹搜索是查找这些文件的最好方法，但我对这种语言非常陌生，有人告诉我要用Java语言编写(我通常使用C++)。因此，我将使用什么方法来：第二:打开每个文件夹及其子文件夹感谢您所能提供的一切帮助
浏览 1修改于2012-09-30得票数 3
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我正在做一个实验，测量网络中蛋白质对之间的相互作用。我也有一个积极和消极的对照，以显示“最少”和“最多”的相互作用量，蛋白质可能有可能。我想做一个网络模型，但是我不确定如何用数值数据来显示交互的强度。例如，如果阳性对照有"50“和负控制"5”(我使用Miller单位)，那么如何使用颜色梯度来显示我正在研究的蛋白质-蛋白质相互作用的强度。
这个链接“在网络上可视化表达式数据”会是一个合适的协议吗？
浏览 4提问于2022-07-11得票数 0
我正在建设一个项目，将使用虚拟引擎4显示蛋白质模型。目前，我无法找到直接导入PDB (蛋白质数据库)文件的方法。理想情况下，我希望将PDB文件转换为FBX文件并存储在项目中。
浏览 4提问于2021-07-11得票数 0
我一直在使用新的EntityRuler ( )向我的自定义Spacy命名实体识别模型添加规则。我添加了100万个蛋白质的名称，运行了几个小时，现在意识到它们中的许多名称都是常见的单词(如“FOR”和“11”)。
我想从EntityRuler对象( )中删除一些模式。但我不确定该怎么做。
浏览 14提问于2020-03-11得票数 0
我正在开发一个函数，用于在线下载蛋白质.pdb文件，作为我正在创建的代码体的一部分，用于停靠由我们的AIBind机器学习模型生成的蛋白质和配体。对于大约60%的这些蛋白质，我可以使用基因库将它们的HGNC I转换为pdb I，然后通过uniprot和RCSB网站查询它们，下载pdb文件。然而，对于其他40%的蛋白质，只有计算生成的α折叠PDB模型，而我一直使用的基因库不承认这些蛋白质具有有效的PDB ID。谢天谢地，在字母折叠网站上有一个搜索功能，通过使用HGNC ID
浏览 11提问于2022-04-20得票数 -1
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示例：
产品:大麦片，数量: 100单位: g，kcal : 370，碳水化合物: 70，蛋白质: 11，脂肪:3产品:红扁豆，数量: 100，单位: g，kcal : 230，碳水化合物: 40，蛋白质: 18，脂肪: 0.8产品:牛奶3.2，量: 100，单位:毫升，千卡: 50，碳水化合物: 5，蛋白质: 3.1，脂肪:1产品:鸡乳房，数量: 100，单位: g，kcal : 164，碳水化合物:0，蛋白质: 31，脂肪: 3.8。
浏览 0提问于2019-10-16得票数 3
对任何类型的帮助都表示感谢：>a>b>c请注意，a、b和c蛋白的长度分别为5、6和4(总长度现在，我提取了一些随机范围(计算基于总长度)，并将其保存为(file1.txt)如下：4-10在蛋白质文件中看到的每个蛋白质的长度(在总长度内)保存在另一个文件(file2.txt)中：b 6-11现在，从file1值中，我希望
浏览 1提问于2016-08-18得票数 0
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我想要制定一个程序，让你输入你想要在一顿饭中摄入的卡路里、脂肪、碳水化合物和蛋白质，它通过一份可能的食物清单来寻找符合输入标准的最接近的食物组合。示例
1/2杯干酪
浏览 4提问于2013-09-15得票数 0
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我可以用我已经知道的语言来解决这个问题，但是我希望使用prolog (或者clpfd)来解决这个问题，因为我想学习这些技术。我看到了一些关于使用SQL的类似问题的引用，但这不是我感兴趣的地方。我收集了一些成分，每种成分都有卡路里计数、蛋白质量、脂肪量等特性，不会超过几十种成分，而且可能不会超过六种成分。在C语言中，我会将其建模为一个结构数组。例如，总卡路里< 1000，脂肪少于30%，超过25g蛋白质。我也可能想说“不包括白米”，例如因为我现在没有白米了。
答案可能是“125克鸡肉，25克胡萝卜，100克米饭”这样的
浏览 8提问于2013-10-17得票数 5
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我有一个包含多个蛋白质序列的fasta文件。不同的蛋白质以files '>‘>开头，就像在所有fasta文件中一样.我需要这些蛋白质在一个文件中，exact.So，我不能只分裂文件。但我想过滤掉所有不是蛋白质序列的东西。file: read = file.readline()但我注意到在蛋白质序列之间有因此，在类似的开头pytho
浏览 1修改于2015-03-05得票数 1
TGEIVYFIASVVVLFNYEERTQRHYLGHTDCVKCLAIHPDKIRIATGQIAGVDKDGRPLQPHVRVWDSVT我想循环通过FASTA，在它遇到的所有'R‘处分割蛋白质序列从blastp获取结果，并将blastp结果存储在fasta文件中每个蛋白质ID的单独文件中。我对使用什么语言并不挑剔。我想学习如何做到这一点，这样我就可以在它上面构建更多的功能。谢谢!
浏览 1提问于2013-06-08得票数 1
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