使用索引从另一个表检索数据

Question

我想用蟒蛇和熊猫来处理生物数据。

表1由蛋白质对的名称组成。XX，YY，ZZ和AA表示蛋白质的名称。表2包括每种蛋白质的一些数据(值)。

我要计算的是表1中存在的每个蛋白质对的Pearson相关系数(PCC)，使用表2的数据列表，这是一种类似数据库的方法。

Table 1

Col1 Col2
 XX YY
 XX ZZ
 ZZ AA

Table 2

      XX YY ZZ AA BB CC ...
Data1 10 20 30 40 50 60 ...
Data2 11 12 13 14 15 16 ...
Data3 80 70 60 50 40 20 ...

Result

      PCC
XX_YY R1
XX_ZZ R2
ZZ_AA R3

结果表中的R1是蛋白质XX和YY的PCC值，也就是珠光体(10，11，80，20，12，70)的结果。R2和R3分别是珠光体(10，11，80，30，13，60)和珍珠(30，13，60，40，14，50)。

在这种工作中，我得到了使用combination函数的建议。用所有的对来计算是非常好的，但是在这种情况下，我只需要计算表1中的蛋白质对，所以很难使用。

有什么简单的方法可以方便地和熊猫一起做这种工作吗？

Answer 1

您可以迭代第一个DataFrame (df1)的行，从df2中选择相关的列，并将带有适当标签的结果添加到dictionary中，完成后可以将其转换为Series：

correlations = {}
for i, row in df1.iterrows():
    correlations[row['col1' + '_' + row['col2']]] = df2.loc[:,row['col1']].corr(df2.loc[:, row['col2'], method='pearson')

result = pd.Series(correlations)