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我被要求从事蛋白质结构可视化的工作，就像RasMol一样，用户可以打开pdb文件来获取蛋白质结构。
如何从pdb文件生成蛋白质结构？我想用Python语言编写代码，并可视化我应该使用OpenGL还是VTK的结构？在这方面，有没有其他的模块可以帮助我？
浏览 5修改于2012-02-25得票数 5
我必须为一个巨大的蛋白质组文件计算很多东西，因为我在数据集中有大约30000个蛋白质组。我有一个脚本，其中有许多需要单个蛋白质文件的子脚本my output = `somescript -do_something -with_this_single_protein_file`谢谢，加博
浏览 2提问于2015-03-04得票数 0
我有一个蛋白质组数据集，所有的蛋白质都在集合A中，其中一些属于集合B、C和D。使用r包，我能够构造一个维恩图来可视化这些集合的交集。然而，在我看来，用于生成集B、C和D的“滤波器”可能优先过滤出低强度的蛋白质。为了可视化这一点，我想构建一个，其中每个点代表一个蛋白质的颜色，它的强度。这样的阴谋在R中有可能吗？我在Python中找到了一个详细介绍类似技术的，但恐怕我不熟悉这种语言
浏览 15提问于2022-10-15得票数 4
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因此，我正在编写一段代码，用于定位蛋白质数据库中的特定信息。我知道递归文件夹搜索是查找这些文件的最好方法，但我对这种语言非常陌生，有人告诉我要用Java语言编写(我通常使用C++)。因此，我将使用什么方法来：第二:打开每个文件夹及其子文件夹感谢您所能提供的一切帮助
浏览 1修改于2012-09-30得票数 3
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我正在做一个实验，测量网络中蛋白质对之间的相互作用。我也有一个积极和消极的对照，以显示“最少”和“最多”的相互作用量，蛋白质可能有可能。我想做一个网络模型，但是我不确定如何用数值数据来显示交互的强度。例如，如果阳性对照有"50“和负控制"5”(我使用Miller单位)，那么如何使用颜色梯度来显示我正在研究的蛋白质-蛋白质相互作用的强度。
这个链接“在网络上可视化表达式数据”会是一个合适的协议吗？
浏览 4提问于2022-07-11得票数 0
我正在建设一个项目，将使用虚拟引擎4显示蛋白质模型。目前，我无法找到直接导入PDB (蛋白质数据库)文件的方法。理想情况下，我希望将PDB文件转换为FBX文件并存储在项目中。
浏览 4提问于2021-07-11得票数 0
我正在开发一个函数，用于在线下载蛋白质.pdb文件，作为我正在创建的代码体的一部分，用于停靠由我们的AIBind机器学习模型生成的蛋白质和配体。对于大约60%的这些蛋白质，我可以使用基因库将它们的HGNC I转换为pdb I，然后通过uniprot和RCSB网站查询它们，下载pdb文件。然而，对于其他40%的蛋白质，只有计算生成的α折叠PDB模型，而我一直使用的基因库不承认这些蛋白质具有有效的PDB ID。谢天谢地，在字母折叠网站上有一个搜索功能，通过使用HGNC ID
浏览 11提问于2022-04-20得票数 -1
我可以用我已经知道的语言来解决这个问题，但是我希望使用prolog (或者clpfd)来解决这个问题，因为我想学习这些技术。我看到了一些关于使用SQL的类似问题的引用，但这不是我感兴趣的地方。我收集了一些成分，每种成分都有卡路里计数、蛋白质量、脂肪量等特性，不会超过几十种成分，而且可能不会超过六种成分。在C语言中，我会将其建模为一个结构数组。例如，总卡路里< 1000，脂肪少于30%，超过25g蛋白质。我也可能想说“不包括白米”，例如因为我现在没有白米了。
答案可能是“125克鸡肉，25克胡萝卜，100克米饭”这样的
浏览 8提问于2013-10-17得票数 5
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我有一个包含多个蛋白质序列的fasta文件。不同的蛋白质以files '>‘>开头，就像在所有fasta文件中一样.我需要这些蛋白质在一个文件中，exact.So，我不能只分裂文件。但我想过滤掉所有不是蛋白质序列的东西。file: read = file.readline()但我注意到在蛋白质序列之间有因此，在类似的开头pytho
浏览 1修改于2015-03-05得票数 1
TGEIVYFIASVVVLFNYEERTQRHYLGHTDCVKCLAIHPDKIRIATGQIAGVDKDGRPLQPHVRVWDSVT我想循环通过FASTA，在它遇到的所有'R‘处分割蛋白质序列从blastp获取结果，并将blastp结果存储在fasta文件中每个蛋白质ID的单独文件中。我对使用什么语言并不挑剔。我想学习如何做到这一点，这样我就可以在它上面构建更多的功能。谢谢!
浏览 1提问于2013-06-08得票数 1
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我知道如何使用BioPython ()遍历蛋白质链中的结构、模型、链、残基和原子。
我如何通过遍历来识别链中的给体和受体原子？
浏览 8修改于2021-10-27得票数 0
我想实现CNN模型，完全连接MLP到我的蛋白质数据库，其中有2589个蛋白质。每个蛋白质有1287行和69列作为输入，1287行和8列作为输出。实际上有1287x1输出，但我在模型中使用了类标签的热编码来使用交叉熵损失。但是我如何实现矩阵输出到我的模型呢？model.add(Dense((1287,8), activation="softmax"))非常感谢。
浏览 0提问于2018-12-03得票数 0
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我对我们CobraPY模型中的步骤有一个反应，本质上是这样的：C+D --> E问题是D是一种蛋白质，不可能对其创建进行建模。对于蛋白质或其他代谢物的简单引入，然后将其从系统中移除，有没有针对基团和流量平衡分析的变通方法？我假设它会产生无限的质量或者某种形式的循环。
浏览 2提问于2018-07-26得票数 1
我想做一个多变量分析，告诉我哪些自变量对我的蛋白质有显著影响。然后我想对每种蛋白质进行单变量分析，看看哪种IV对每种蛋白质有意义。model_univariate <- glm(Protein1 ~ age + bmi+ gender+ group, family="poisson", data=data)
我尝试了一个for循环来尝试，这样我就不必为每个蛋白质逐个输入公式models[[y]] <- glm(form, data = df, family="poisson&quo
浏览 1修改于2021-02-04得票数 0
我试图用Node2Vec和支持向量机对蛋白质-蛋白质相互作用图上的节点进行分类，以预测与特定疾病相关的疾病基因。准确地说。关键是，我已经使用networkx创建了一个图，我的节点具有labels(蛋白质名称)和属性=0/1(如果该蛋白质是否导致疾病)。我在这张图上应用了node2vec，我有了我的模型。
浏览 4修改于2021-12-24得票数 0
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我正在使用Python语言在selenium中为网站编写一些自动化脚本，在该脚本中，用户必须输入一个值，然后单击search来获取一些值是唯一的蛋白质数据。它们的变化取决于蛋白质名称及其数据。
浏览 9修改于2020-07-17得票数 0
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